病毒病为彩色甜椒重要病害，分布广泛，发生普遍，露地和保护地种植发病都相当严重，显著影响彩色甜椒的产量和质量。
[症状] 此病常有花叶、黄化、坏死和畸形等多种症状：花叶分为轻花叶和重花叶两种类型，轻花叶型病叶初期表现明脉，轻微褪绿，或出现浓绿、淡绿相间的斑驳，病株不明显畸形矮化，不造成落叶；重花叶型除表现褪绿斑驳外，叶面皱缩畸形或形成线形叶，植株生长缓慢或严重矮化，果实变小至不结果。黄化病叶明显变黄，严重时造成大批落叶。坏死型病株部分组织变褐坏死，茎秆上出现条斑，植株顶枯，叶片产生坏死斑驳及环斑等。畸形型病株矮小变形，叶片变成线状蕨叫，分枝极多，呈丛枝状。有时几种症状同在一株上出现，或引起落叶、落花、落果，严重影响彩色甜椒的产量和品质。
[发病规律] 彩色甜椒病毒病传播途径因毒源种类不同而异，但主要可分为虫传和接触传染两类。可借虫传的病毒主要有CMV、TEV、PVY及AMV、BBWV，田间发病与蚜虫的发生关系密切，特别是遇高温干旱天气，不仅可促进蚜虫传毒，还会降低寄主的抗病性。TMV、PVX主要靠接触及微伤口传播，通过整枝打杈等农事操作传染。通常高温干旱病害严重。定植不适时，连作，低洼及缺肥等易引起此病流行。
[防治方法] 1．引进选用相对较抗病或耐病的彩色甜椒品种。种子用10％磷酸三钠浸种20―30分钟后洗净催芽播种。 2．施足底肥，采用地膜覆盖栽培，适时播种，培育壮苗，增强植株抗病性。生长期加强管理，高温季节勤浇小水。注意及时防治蚜虫。 3．夏季种植采用遮阳网覆盖，或与高秆遮荫作物间作，改善田间小气候。苗期可喷洒20％病毒A可湿性粉剂500倍液，或1.5％植病灵乳剂l000倍液，或NS-83增抗剂100倍液，或1%抗毒剂l号水剂200―300倍液，隔10天左右1次，连续喷施3-4次。
