对冬瓜进行贮藏，既可延长冬瓜的供应期，又能淡季上市保值增值，是增加农民收入的有效途径。窖藏是一种简便易行且贮藏时间较长的贮藏方法。
贮藏条件温度为10～15℃，空气相对湿度为70％～75％，且通风良好。
贮瓜准备进行贮藏的冬瓜要求九成熟，且为皮厚、肉厚、质地致密、品质较好，表面青皮发亮，布满蜡质的品种。贮瓜未遭霜打，且采收前7天未浇水。冬瓜入库前严防雨淋。采收在早晨进行，用剪刀剪摘，且留有3～5厘米的瓜秧，用报纸包好冬瓜以防止产生机械伤害。
贮窖准备贮藏窖库多为半地下方式，即建造窖室高约3．6米，地表上下面各建造1．8米，四周设有窖库窗，前后左右对开，以便于通风、换气使用。在冬瓜入库前2～3天对库内进行全面的消毒灭菌处理，方法是：以高锰酸钾烟雾熏蒸窖库，密闭处理以后．把库温降至13℃。
冬瓜摆放选择经过严格挑选好的大小一致、整齐、无破损的冬瓜于库内堆藏或架藏。最好采用架藏，单层摆放且贮存架上铺垫干草等柔软通风材料。采取堆藏时，应先在库底垫上干草或草帘，然后摆放冬瓜，一般不超过3层，堆放时要留出通道，以便检查。摆放过程中，“地里怎么长，窖里怎么放”，即根据冬瓜在田间生长时的状态进行相同状态的摆放。
贮期管理冬瓜人贮24小时后，待瓜温降至13℃左右时，用蔬菜保鲜烟雾剂熏蒸处理，每100立方米500克。保鲜剂处理后，将库温保持在13～15℃。空气相对湿度70％左右。为防止贮藏库过度潮湿，在地面撒1层石灰粉。冬瓜刚入库时，应加强通风，只要库外温度不超过15℃，就要通风，若外界气温较高，每天清晨和傍晚进行通风，当气温低于1O℃寸要注意保温。贮藏2个月后，要进行第2次果蔬烟雾剂处理，用量与第1次相同。
检查病瓜贮藏期间要注意查窖，随时将松软发霉腐烂的冬瓜检出地窖，并将病瓜周围的冬瓜单独存放，并作好消毒处理。
