冬瓜产量高，栽培广，每年收获高峰时期，往往价格猛跌。贮藏是保证冬瓜长期供应，调节市场盈缺的重要手段。通过冬瓜的贮藏，即可延长冬瓜销售供应期，淡季上市保值增值。贮藏的方法多样，其中窖藏是比较简便易行、贮藏时间较长的一种。冬瓜窖藏应注意以下几点：
贮瓜的准备。冬瓜含水量较高，嫩瓜及过分成熟的瓜都不宜贮藏，所以贮藏的冬瓜要求九成熟，皮厚、肉厚，质地致密、品质较好，表面青皮发亮，布满蜡质的品种。贮藏的瓜不能遭霜打，在生长期间应在瓜下垫砖或吊空，并防止日光曝晒，冬瓜在入库之前要严防雨淋，采收时要留3～5厘米长的瓜秧。选择天气凉爽的早晨用剪刀剪摘。为防止瓜与瓜碰撞产生机械伤害，造成微生物侵染，用报纸包冬瓜。搬运过程中应轻拿轻放，严防擦伤、碰伤，特别注意应严防。
适贮的条件。冬瓜贮藏适宜条件：温度为10℃～15℃，相对湿度为70%～75%，且通风良好。冬瓜在条件适宜时可保存数月。冬瓜不耐低温贮藏，低于10℃会发生冷害；但贮存温度过高，则呼吸速率加快，组织很快松软，病原菌繁殖迅速，贮存期不长。
贮窖的准备。贮藏窖库建造多以半地下方式，即建造窖室高约3.6米，地表上下面各建造1.8米，四周设有窖库窗，并对开，以便于通风、换气。贮藏窖的大小根据所贮冬瓜的数量决定。这种结构的建造，具有恒温性高、凉爽、通风简便、干湿度易控制的优良特点。在准备进行冬瓜入库前2～3天，库内应全面消毒灭菌，以高锰酸钾烟雾熏蒸窖库密闭处理以后，并把库温降至13℃，再将需要贮藏的冬瓜入库。
窖藏方式。选择经过严格挑选整齐、无破损的成熟冬瓜于库内堆贮或架贮，最好使用架藏，单层摆放。架贮冬瓜因通风较好，相应比堆贮的要好，但架贮冬瓜也应在贮存架上先垫铺干草等柔软通风材料，然后再将冬瓜摆上去。采取堆放时，应先在库底垫上干草或草帘，然后在上面摆放冬瓜，一般不超过3层，以免压伤损坏。堆放时要留出通道，以便检查。在摆放过程中，主张冬瓜地里怎么长，窖里怎么放，即根据冬瓜在田间生长时的状态进行相同的状态摆放，切不可错置，因为瓜瓤已适应其重力作用方向，不易产生裂伤，贮藏时间便可以更长一些。
及时将病冬瓜周围的冬瓜拣出单独存放，并做好消毒处理。冬瓜贮藏期，只要能掌握好温、湿度环境条件，一般均可贮藏3～4个月或更长时间。