传统豆芽菜培育过程中最常见的病害有红根、腐烂等。防治措施首先要搞好环境卫生，其次要严格筛选种子，剔去瘪粒、破粒、霉烂或已发过芽的种子，因为无生活力的种子极易腐烂并成为传染源。第三要对种子和发芽容器等做好消毒工作。将浸种完毕的种子，用0.1%漂白粉溶液浸泡、搅拌10分钟或用3%石灰水（无渣滓）浸泡、搅拌5分钟，再将种子捞出，用清水冲洗干净。发芽容器等生产用具可用石灰水浸泡1小时，然后用清水冲洗干净。覆盖物可用开水煮烫或在日光下暴晒。第四要保证喷淋用水的清洁，一般不要用池塘、河流作水源。此外，当连续发生严重烂种烂芽时，必须对生产场地实施全面、彻底的消毒，用硫磺粉等进行熏蒸，密闭房室，经12小时后打开门窗或通风口通风。消毒进行时需停止生产或将芽苗暂时移往他处。
