番茄幼果易出现顶裂、漏籽及扁形果、大花脐等生理障害，常给生产造成较大损失。一般2－5月份出现的多，秋季比较少，其原因和预防办法如下。
一、原因
番茄的大花脐、扁形果、幼果顶裂这些都属于畸形果。前者属轻度的畸形果，而后者顶裂果则属重度的畸形果。发生的原因有三个方面。
1、苗期(2－7片真叶)夜温过低 畸形果的出现，根本问题出在番茄花的最初形成期，即花芽分化期。番茄第1－3穗花芽分化期一般在2－7片真叶期，这个阶段的低夜温低、多氮、多湿、幼苗徒长容易使光会产物较多地积累在正在分化的生长点上，从而导致分化多心室的畸形花。特别是夜温长期低于8℃就会大量出现畸形花，以后发育成畸形果。这些畸形花在开花时很容易识别，表现为豆形、扁子房、粗花柱、多花瓣等。
2、钙、硼不足 在花芽发育、开花及幼果膨大过程中，钙、硼供应不足或偏施铁态氮肥和钾肥导致生理缺钙，使花器发育不良、果实细胞结合欠佳，加剧了果实的顶裂。
3、点花激素浓度过大 促进坐果使用的激素浓度大，促进果实发育的力量就大，在番茄体内光合产物不能很好配合的情况下，轻者出现果实尖顶、大花脐，重者出现幼果开裂、漏籽，失去商品价值。
在上述三个原因中，苗期(2－7片真叶)夜温过低是根本原因，钙、硼不足可加剧顶裂，而点花激素浓度过大则属于外界人为造成顶裂的最重要因素。
二、预防
1、花芽分化期夜温不受长期低于12℃ 对于留3－4穗果的要提早摘心栽培，其3－4穗的分化期在2－7片真叶的苗期。可采用温室育苗、盖厚草帘、盖二层幕、大棚内盖小棚，设置临时加温设备等措施，确保晚上温度不低于10－12℃。对于8月下旬至9月份播种的越冬栽培，应特别注意12月至次年2月低温阶段的保温工作，以保证第5－8穗花的正常分化，为以后形成良好果实打下基础。除注意苗期保温工作外，也要防止偏施氮肥和幼苗徒长。对于5－7月份播种的秋延番茄栽培，基本不存在苗期低温问题，应把重点放在培育壮苗和防止徒长上。
2、注意转、调元素的补充 除底肥施过磷酸钙、钙镁磷肥外，重点应放在叶面补钙上。从苗期开始直到最后一穗果实膨大后期，每隔10－15天喷1次氨基酸态钙(螯合态钙)。氨基酸态钙容易被植物吸收，商品名很多，如钙宝、化果钙等。其实羊奶、牛奶、豆浆就是天然的氨基酸态钙肥，其300倍液喷和浇效果均比较好。补硼：苗期叶面喷0.1％－0.2％硼砂溶液，隔5－7天喷1次，喷3－4次即可。
3、掌握好点花浓度 具体点花时需根据以下三点调整浓度。(1)根据花的质量。畸形花在点花时及时疏掉，好花、正常花按上述原则即可。对于要用激素促进坐果的畸形花，浓度要降到比较低的水平，否则点后容易引起顶裂。(2)根据棚内点花当时温度。不同温度点花用药适合浓度差异很大，一定要根据点花当时温度调整浓度。一般选择棚内温度比较稳定的晴天下午点花比较适宜。(3)根据点花、蘸花、喷花的不同进行调整。