番茄育苗有育大苗和小苗之分，一般4-5片叶1心为小苗，8-9片叶1心为大苗，育苗方法略有不同。除以强调前期产量为目的早熟栽培外，番茄一般以小苗栽培为主。小苗栽培缓苗快，植株生长旺盛，后期产量高。
一、配制营养土。考虑到育苗效果和多数农户的可操作性，一般可用以下配方：大田生土:海藻有机肥:草碳=1立方米:5-7公斤:0.2-0.3立方米。
大田生土要求在长年种植玉米、小麦等大田作物的地块取土，且要去掉表层30-40厘米的土，目的是为了减少育苗过程中有害菌、除草剂等对苗的影响。
育苗过程中安全是第一准则。原土法育苗多用化肥或农家粪，化肥纯度高，用量有偏差或混合不匀容易烧苗；农家粪多为大型养殖场所出，含盐、碱和激素量高，易烧苗。因此推荐使用海藻类有机肥，它含有一定量的N、P、K和微量元素，还含有大量的海藻活性物和有机质，可活化土壤，强壮植株根系，并可有效减少土传类病害的发生。
草碳是较好生根、固根材料，可提高土壤的孔隙度和保水、肥等性状，育苗效果好。营养土中有机质的含量要求不低于15%，因此草碳不可随意减量。
将以上3种材料，加水拌均覆膜闷15天以上。其中加水量为手捏成团、落地即碎为好，太干或太湿均会导致发酵不良。
二、苗期管理。出苗后，需仔细观察苗情，做好病虫害的预防等工作。
根的好坏是壮苗的重要技术指标，需在番茄2叶1心期和定植前一周左右用生根类海藻液肥加甲壳胺类液肥喷施2-3次，可壮根防病。
番茄一般品种2叶1心期开始花芽分化，需补硼肥一次，注意浓度不可过高，以免硼中毒。
番茄苗期对温度敏感。一般夜温控制在12-17℃，日温控制在23-32℃即可。练苗期间最低温度为8℃，最高控制在35℃以内。
按上述方法一般25-35天即可育出3-4叶1心、根系粗壮、颈节粗短、色绿叶展、茎叶比例合适的壮苗，为高产打下基础。