据农业部调查结果，华中和西南地区设施番茄多为中小拱棚，华北等北方地区多为日光温室，存在的主要施肥问题如下：
（1）过量施肥现象普遍，氮磷化肥用量偏高，土壤氮磷养分积累明显。（2）养分投入比例不合理，非石灰性土壤钙、镁、硼等元素供应存在障碍。（3）过量灌溉导致养分损失严重。（4）连作障碍等导致土壤质量退化严重，养分吸收效率下降，蔬菜品质下降。
施肥原则：（1）合理施用有机肥，调减氮磷化肥数量，增施钾肥，非石灰性土壤及酸性土壤需补充钙镁硼等中微量元素。（2）根据作物产量、茬口及土壤肥力条件合理分配化肥，大部分磷肥基施、氮钾肥追施。早春生长前期不宜频繁追肥，重视花后和中后期追肥。（3）与高产栽培技术结合，采用“少量多次”的原则，合理灌溉施肥。（4）土壤退化的老棚需进行秸秆还田或施用高碳氮比的有机肥，少施禽粪肥，增加轮作次数，达到除盐和减轻连作障碍目的。
施肥量及比例：苗肥增施腐熟有机肥，补施磷肥，每10平方米苗床施经过腐熟的禽粪60～100公斤，钙镁磷肥0.5～1公斤，硫酸钾0.5公斤根据苗情喷施0.5%～0.1%尿素溶液1～2次。
基肥施用优质有机肥2～3方/亩。
亩产量水平4000～6000公斤，氮肥每亩15～20公斤，磷肥8～10公斤，钾肥20～25公斤。亩产量水平6000～8000公斤，氮肥每亩 20～30公斤，磷肥10～15公斤，钾肥30～35公斤。亩产量水平8000～10000公斤，氮肥每亩30～38公斤，磷肥15～20公斤，钾肥 35～40公斤。70%以上的磷肥作基肥条（穴）施，其余随复合肥追施 20%～30%氮钾肥基施，70%～80%在花后至果穗膨大期间分3～10次随水追施，每次亩追氮肥不超过5～7公斤。
菜田土壤pH<6时易出现钙、镁、硼缺乏，可每亩基施钙肥50～75公斤、镁肥4～6公斤/亩，根外补施2～3次0.1%浓度的硼肥。