番茄定植后有些菜农嫌幼苗长势弱，在苗期加大肥水供应，导致番茄徒长严重，第一、第二穗果明显偏小，畸形果多。因此，番茄苗期应尽量少浇水或不浇水，也不施肥，当番茄第一穗果有核桃大小时适量冲施三元高钾复合肥，以促进果实膨大。每冲施两次高钾肥后冲施一次氮磷钾平衡肥，避免土壤氮低钾高，影响植株长势。
前期幼苗茎秆细而不空心，叶片小且厚实，叶色深绿，这样的番茄苗后期能获得高产；相反，苗期肥水充足，幼苗茎秆粗壮而空心，叶片大而嫩，叶色较淡，这样的番茄苗是徒长苗，旺而不壮，往往植株第一至第三穗果坐果率低，果实小，造成前期产量低。造成番茄苗徒长的主要原因是苗期营养生长过旺，影响生殖生长，造成营养生长与生殖生长不平衡。
番茄苗期管理应抓“控”字，以提高产量，尤其是提高前期产量。除了控水控肥外，还应注意控温。发现植株有徒长迹象，应及时调控棚内温度，避免温度过高，同时拉大昼夜温差，温差宜在10℃；或者用甲哌 等植物生长调节剂控旺，注意药液浓度不能过大。