设施番茄采用专用果袋（白纸淋膜袋）套袋栽培，可以减少病果，减少农药用量，提高产量，并能使袋内果实自然转红和提早转红，免除了用乙烯利涂抹催熟的激素污染问题，改善了果实的商品品质和营养品质。
设施番茄专用果袋长30～35厘米，宽28厘米，底部和两侧封口，顶部开口。在果袋的两侧留有2排各4对通气孔，距离封底4厘米，距袋两侧3厘米。每个通气孔直径0.8厘米，孔间距2厘米。这种专用果袋适用于日光温室或塑料大棚栽培的硬果型番茄和大果型番茄。
套袋方式为整穗果实套袋，适宜时期在坐果期，果实横径在2.3～3.4厘米时。
套袋前准备 番茄开花时，按照常规方法蘸花或喷花，花瓣萎蔫后及时摘除全部萎蔫花瓣，不得有花瓣残留。番茄果实直径在2.3～3.4厘米时，每穗选留3～4个果。套袋前将袋底部两侧的8对通气口打开，以便透气通畅。
套袋 将袋口撑开，套住整穗果实。调整袋底角呈倾斜状态，使一侧的通气口朝上，另一侧的通气口朝下，以便袋内凝聚的水滴流出。收紧袋口后封好，以防果实膨大期纸袋脱落，滴入药液或棚膜结露水滴。整理纸袋，使通气孔通透，以便通气透气，有利于调控袋内微环境。
套袋后管理 套袋后果实膨大期间，管理按照常规管理。袋内果实自然转红时采收。大果型番茄应适时分批采收；硬果型番茄可以分批采收，也可以整穗采收作为高级礼品蔬菜上市。
套袋番茄转红机理为绿熟期后果实呼吸跃变，引起乙烯释放累积，使果肉番茄红素形成，果肉转红。由于袋内果实自然转红，可以提早3～8天采收，免去了用乙烯利催熟的环节，更有利提高蔬菜的绿色质量，成为绿色AA级农产品。