番茄冬春保护地生产的面积越来越大，这一茬番茄生产的多半时间是在低温弱光、多湿条件下进行的，番茄从花芽分化到成熟各时期若环境条件不适或管理不当都易造成果实生理病害。一般来讲，畸型果多发生在花芽分化期；空洞果、小粒果多发生在蕾期到幼果期；筋腐果多发生幼果期至肥大前期；脐腐果多发生在果实肥大期；裂果、日烧病多发生在肥大后期。科学的选择品种、科学的栽培管理技术，能减少和防止果实生理病害的发生。
一．畸型果
症状：长馒头形、菊花形（多心皮）、指形或分瓣。
病因：1. 与品种有关：大果型（多心室）品种易受环境或激素影响产生畸型果，北方地区，尤其东北地区对品种有更强的选择。2. 在花芽分化或花芽发育时期，养分和水分供应过于充足，体内光合产物积累过多，超过花芽分化需求的正常值，就会分化出过多心室或心室生长不整齐造成畸型果。3. 深冬或早春连续低温，尤其低夜温持续低于8℃以下时间较长，偏施氮肥、磷肥或生长激素使用不当，易造成畸型果。
防止对策：1. 选择耐低温弱光的中大果型品种如农博粉4号、农博粉帝、L402等，避免选择佳粉15号等多心室品种，另外在东北地区“保冠”越冬栽培，应当注意保温。2. 早熟栽培番茄，避免过低夜温，尤其在花芽分化期（2—4片叶）。3. 合理配肥，增施钾肥，避免偏施氮、磷肥。4. 醮花激素，选择使用沈农丰产剂二号要比用2，4—D效果好，醮花浓度要适当，用量不宜过大，避免流淌，醮花要作标记，避免重复施用，“保冠”的醮花浓度要比一般品种低一半。5. 番茄应大蕾定植（8片叶），苗龄达70—80天。第一、第二花序花芽分化，以及分化花芽时易受逆境条件影响产生畸型果，在开花期可从花瓣、萼片以及雄蕊、子房判断是否畸型果，萼片超过10片的花朵要摘掉，柱头、子房畸型的花也要摘掉。
二．空洞果
症状：果皮凹陷，从果颈至脐部易形成突起，果肉彭大不均匀，横切面无果汁，中空，果实不圆实，手感软，风味差。在形成特点上，果皮生长发育快，胎座发育跟不上或胎座发育受外部条环境影响，果内心室膈膜很薄，不见种子，或种子数目少，果皮、心室隔壁生长过快，形成空洞果实。
病因：1. 与品种有关：心室少、早熟品种以及高圆形品种易产生空洞果；晚熟多心室品种空洞果少。相同品种在日光温室越冬栽培时番茄空洞果实高，反之在秋冬茬及晚春茬番茄空洞果率低。2. 定植时苗龄太小，营养生长与生殖生长平衡失调，影响光合产物向生殖生长转运。3. 花粉生成时因环境条件不良，花粉发育不正常，影响授粉受精，光合产物分配少，易产生空洞果。4. 醮花激素使用不当。一般日光温室番茄在寒冬和早春季节，为防落花落果通常用激素处理，花序受激素处理后果实发育速度加快，生育期缩短，成熟期提前，而这时的胎座发育仍不良，容易造成子房产生空洞。应当在开花当天（成喇叭状）使用，使用过早或反复使用易生成空洞果。5. 光照太弱（尤其冬天），番茄果实形成后，如果遇上持续连阴，光照不足，果皮生长与果肉生长不相协调，容易形成空洞果，越冬茬番茄的育苗期和第一、二花序的开花期，天气不断变化，长时间的连阴，光照强度弱，加之温室外界温度低，温室内部的光温条件更差，这时同一果穗中迟开花果实的空洞的发生率多于其他花序的果实。6. 管理措施不严格。在温度超过35℃持续时间较长，花粉受精不良，果实中果实发育中果肉组织的细胞分裂和种子成熟加快,碳水化合物形成少，果实膨大及发育受阻，与果实生长不协调，会形成空洞果。坐果后浇水量及追肥不匀，或者生长后期及结果盛期肥力不足而形成空洞果。
防止对策：1. 选择心室数稍多的品种，如农博粉3号、农博粉4号、农博粉帝、L402等。2. 培育壮苗，适龄定植，大棚温室早熟栽培70天苗龄带大蕾定植最好。3. 合理配施肥料，防止氮肥过量。4. 使用座果激素要恰当，按照使用说明掌握好使用时间，次数及浓度，可在配置的座果激素溶液中加入红墨水或食品色作标记。5. 在植株调整时，摘心不可太早，否则易营养失调而空洞。
三．筋腐病
症状：1. 褐变：果皮一部分变成褐红色、硬块，切开果实可看到果皮维管束褐变。果实病变部位空洞或凸凹不平。2. 白变：病变部位不着色或着色不均，硬块且空洞。
病因：光照不足，低温多湿；温度过高或过低；钾肥过多或缺钾；幼苗定植过小；开大水过早，水量过大；氮肥过多，尤其铵态氮过多，二氧化碳不足。另外品种间也有一定差异。
褐变一般认为是因光合代谢引起生理失调而造成，白变一般认为是因病毒侵染而造成。
防止对策：1. 选择抗病品种，农博粉3号、农博粉4号、农博粉帝、农博粉1号等较抗筋腐病，辽粉杂3号、中杂9号、佳粉10号等筋腐病较重。2. 适时定植，合理密植，保证光照和适宜水分。3. 合理施肥，减少NH4+—N用量，降低NH4+—N对K+、Ca2+的拮抗竞争，提高植株抗病能力。4. 防止毒病及蚜虫传播疾病。
四．脐腐病
症状：前期青果时呈水浸状，后期脐部腐烂变黑。
病因：主要是因为缺钙（土壤缺钙或生理缺钙），钙是细胞壁的主要构成物质，而且在植物体内不易被转移再利用。当细胞壁缺钙时细胞互相分离，易发生坏死。1. 当土壤缺钙或土壤酸化（长期施用含Cl-、SO42-肥），土壤中Ca2+被固定不易被土壤吸收，或土壤中盐浓度太高，其他阳离子对Ca2+拮抗，影响钙盐吸收，土壤墒情忽干忽湿也不利于植株对Ca2+的吸收。2. 钙盐失调。
防止措施：1.补钙肥或叶面喷施CaCl20.5～1%。2. 改良土壤：改善土壤结构和土壤状况，增施农家肥，提高土壤腐殖质含量。3. 合理施肥，减少生理酸性肥料的施入。4. 合理浇水，防止忽干忽湿。5. 当钙盐失调时用钙调酶调节。
五．裂果
症状：果实纵裂或环裂。裂果不仅影响商品性，而且易被细菌侵蚀。
病因：1. 水分：土壤水分不平衡或空气湿度太大，果实幼小时缺水，细胞木栓化程度高，后期水大造成裂果。2. 品种间有较大的差异：果皮薄，扁圆大型果易裂。
防止对策：1. 选果皮厚、高桩、中小型品种，如合作906、合作908、金棚一号、保冠、农博粉3号、农博粉5号等及加工型品种。2. 注意土壤的水分管理及增施有机肥，改善土壤的团粒结构，提高土壤的保墒能力。3. 空气湿度不宜过大，注意放风。4. 高畦栽培。
六．日烧病
症状：在果实的肩部有烧烫伤斑，逐渐变白变硬，组织坏死，病变部位易腐烂或干腐。
病因：1. 植株发育不茂盛，中后期太阳直射到果实上。2. 打尖时果实上留叶片太少，不能遮盖果实。当露地雨过天晴，或保护地内湿度过大（雨或雪后，以及昼夜温差大而结露），果实肩部着露，棚内高温太阳直射而灼伤。
防止对策：1. 及早促进营养生长。2. 打尖时果穗以上留2～3片叶。3. 深秋初冬或雨雪过后，注意排湿放风，防止湿度过高。