（1）基质及营养基质应由人工配制，要做到无菌、疏松、排水良好，且加入人工调配的营养液。穴盘育苗工厂化穴盘育苗。
（2）育苗设备一般使用15×7穴的穴盘。
（3）温度管理气温的调节，是番茄穴盘育苗成败的关键。温度过高，会引发多种病害，影响成活，需要采取可行的降温措施，包括：喷雾降温、水帘降温与排风扇降温。
（4）光照调节穴盘苗栽植初期，要防止正午的直射阳光。
（5）水分管理基质湿度过高，通气性差，有毒物质积累，不但影响小苗生根，还会导致根茎腐烂。空气湿度低时，小苗不能挺立，无法充分进行光合作用和呼吸作用，正常生理过程受到干扰。