果实脐腐病是指近花柱的一端（脐部）先变为黑褐色，然后腐烂的现象。这种现象，在高温干旱季节较为常见。番茄果实的脐腐发生原因是由于果实中缺钙引起。由于钙的不足，引起果实脐部组织的崩溃。另外因土壤干燥，水分不足，引起的脐腐病是一种生理病害。
克服脐腐病的发生一是多施有机肥料，增加土壤保水力。二是施钙盐，增加果实中的含钙量。番茄结果后1个月内，是吸收钙的关键时期。可喷洒1％的过磷酸钙，或0.5％氯化钙加5mg／kg萘乙酸、0.1％硝酸钙及爱多收6000倍液，或绿芬威3号1000--1500倍液。从初花期开始，隔10—15天1次，连续喷洒2--3次。使用氯化钙及硝酸钙时，不可与含硫的农药及磷酸盐(如磷酸二氢钾)混用。三是选用抗病品种。四是浇足定植水，保证花期及结果初期有足够的水分供应，在果实膨大后，应注意适当给水。