贮藏用的番茄采收前2天不灌水，防止果实吸水膨胀和果皮产生裂痕。应在早晨或傍晚无露水时采摘，轻拿轻放。采收后，应放在阴凉通风处散热，或放在冷库内预冷到13℃，然后挑选分级入库贮藏。
1.塑料帐气调贮藏法。将装好的番茄堆在窖中或通风库中，用塑料薄膜将堆好的垛套上、封住口成为塑料帐。每隔2～3天，将塑料帐揭开，擦干帐壁上的小水滴，15分钟后重新套上，封住口。每隔10～15天翻垛检查1次，挑出病果。用此法可贮藏1个多月。
2.薄膜袋贮藏法。将青番茄轻轻装入食品袋中，一般每袋装5千克，装后随即扎紧袋口，放在阴凉处。贮藏初期，每隔2～3天，在清晨或傍晚，将袋口打开15分钟，将袋壁上的小水珠擦干，然后再扎好密封。贮藏1～2星期后，番茄逐渐转红。如需继续贮藏，则应减少袋内番茄的数量，只平放1～2层，以免相互压伤。番茄红熟后，将袋口散开。
3.吸附剂贮藏法。将30份佛石、20份活性炭、30份硫酸亚铁、30份氢氧化钙和1份水混合配成复合保鲜剂。将此混合物称10克装入一内衬有多孔聚乙烯薄膜的小纸袋内，并用0.5克水将纸润湿，然后与番茄一起封装在一个大聚乙烯袋中。在一定温度下贮藏60天，番茄颜色不变。