西红柿生长期长，病害发生较严重，而西红柿畸形果一直困扰着不少菜农，尤其是对于粉果西红柿来说，畸形果非常普遍。常见的畸形果有多心室畸形果、生瘤尖顶、空洞果等。
畸形果产生的原因主要有三类，分别是花芽分化不良引起的畸形果、营养供应不良引起的畸形果、病毒病畸形果及激素中毒引起的畸形果。首先来说花芽分化不良引起的畸形果：当西红柿苗子长到2叶1心时，内部花芽分化就已经开始，到定植也就是7—9片真叶展开时，一生的花芽分化都已经结束。此段时间内若出现异常的环境变化，比如较长时间低于8℃的夜温等，花芽分化就会受到很大的影响，产生畸形花进而结出畸形果。这种情况下中国农业网产生的畸形果以多心室畸形果为主，包括指形果，菊花果等。营养供应异常是导致畸形果最重要的原因。果实营养供应不足容易引起空洞果、小型果、僵果等种类很多，是由营养生长与生殖生长不协调或是徒长引起的，也可能是坐果太多使叶片合成的养分不能满足果实生长的需要造成的。氮肥施用过多，地上部分营养生长过旺，冠根比例失调，是引起空洞果的主要原因之一；土壤干旱、磷肥施用过多等很容易引起植株缺钙，易引起西红柿的脐腐果。病毒病引起的畸形果是危害性最大的一种，病毒分为花叶病毒、条斑病毒等几种，这几种病毒不仅会严重影响西红柿的开花坐果，已长大的果实也会变成花脸果、青皮果及生瘤，果面凹凸，丧失商品价值。激素中毒也是引起西红柿畸形果的重要原因，目前应用的激素包括2,4-D、防落素、赤霉素等，使用不当会引起空洞果、指突果等以尖顶果为常见。
针对不同的畸形果病因，应采取的预防措施也不相同。
1.对于花芽分化不良引起的畸形果，主要是通过培育壮苗来解决。西红柿苗期是决定果实生长的关键时期，苗期要防止长时间出现低温、高温、干旱等以免影响花芽分化，导致畸形。
2.对于营养供应不足引起的畸形果，则要采取综合的肥水供应和植株调控措施。番茄的株型和生育状况是影响西红柿畸形果产生的有重要条件。当番茄幼苗出现旺长时，可喷用75ppm的多效唑溶液控其平稳生长，并及时整枝抹芽、疏花、摘除畸形幼果；打顶时在顶心处宜留2片幼叶，以保护幼果不受灼伤。定植前施足底肥，定植后合理浇水施肥。番茄生育前期要控制氮肥施用量和浇水，促进根系深扎，提高根系营养吸收能力；开花坐果期要重施钾肥和保证水分供应，促进果实的生长。坐果高峰期喷施过磷酸钙溶液二三次，能有效地防止脐腐病和裂果。
3.对于病毒病引起的畸形果重在预防。病毒病危害巨大，且无法根治，西红柿病毒病主要通过刺吸式害虫传播，棚室防治病毒病的关键在于防治蚜虫、叶蝉、粉虱等刺吸式害虫，以预防传播。
4.激素中毒也只能通过小心操作来预防。激素在西红柿生产中不可缺少，尤其是点花激素类的2，4-D、防落素等。使用时要根据环境的变化不断调整浓度。点花激素浓度主要视温度变化而变化，温度高浓度低，温度低浓度高。浓度偏高往往是诱发果实畸形的主要原因。