棚室秋茬黑番茄的栽培技术关键是预防病毒病。应选择抗病性强(尤其抗病毒病)、耐热、生长势旺盛、大果、无限生长类型的中晚熟品种。
育苗期的确定，日历苗龄以25～30d为宜。生理苗龄以株高为15～20cm，有3～4片叶展开为宜。
育苗时要准备防高温防雨苗床，并在其上部搭荫棚。播种时种子最好直播在营养土块或塑料钵、纸袋、塑料袋等育苗容器中，每钵(袋)播3～4粒种子，待出苗后再间除弱小苗，每钵留1株。为防止徒长，在幼苗2～3片真叶展开时，可用0.05%～0.1%的矮壮素或0.15%～0.20%的B9喷洒叶片2～3次。苗期要防治蚜虫，喷施植病灵或病毒A，预防病毒病。
定植时仍处于阳光较强、高温多雨季节，故要做好遮荫防雨准备。温室大棚的棚顶防雨遮荫，四周通风。生育后期，随着温度降低和光照减弱，应以增温、保湿、增光为主，逐渐减少放风，加强保温覆盖，并把塑料薄膜上的遮荫物撤掉，擦拭干净，增加透光率。
秋茬黑番茄多采用单干整枝，留3～4穗果摘心，每穗果留4～5个。开花期仍需用生长素蘸花或喷花。当果实长到核桃大小时，每667m2 追施磷酸二铵20kg，并随之灌水。每次灌水后都要及时中耕培垄，随着气温下降，灌水次数应减少，后期可将植株下部叶片打掉，并注意避免空气相对湿度过大和薄膜上的水滴落到植株上。