近期因根腐病、细菌性髓坏死和灰霉病危害引起番茄死棵的现象较普遍，应注意防治。
番茄感染根腐病后，植株先出现萎蔫症状，中午时表现严重，早上和傍晚可恢复，拔出病株可见根部表皮变褐腐烂，易剥落，不及时防治会导致死棵。发病后，可以在每15公斤水中加入普力克722克/升霜霉威盐酸水剂10毫升、金雷68%精甲霜·锰锌水分散粒剂35克和福星40%氟硅唑乳油2毫升灌根防治。针对病株，还可以将已经摘除果实的番茄茎秆扑倒覆土，促进茎秆产生不定根，保证植株上部的营养供应，减轻根腐病造成的危害，促进植株生长。另外，在定植前通过穴施“激抗菌968壮苗棵不死”等生物菌肥，利用有益生物菌抑制有害病菌的生长和繁殖，可以减少根腐病发生。
番茄出现细菌性髓坏死时，植株下部叶片会萎蔫，此时可在发病部位看到有许多不定根产生，将茎秆劈开可见茎内部变褐色，并逐渐沿茎秆向上向下发展，严重时茎秆内部出现空腔，最终导致植株死亡。防治该病时，可选用具有内吸性的抗生素，如用3%中生菌素可湿性粉剂1000倍液或40%农用硫酸链霉素可溶性粉剂2000倍液灌根防治。对发病严重的植株，可用DT30%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液对发病部位上部注射防治。
灰霉病之所以能导致番茄死棵，是因为没有及时将病叶、老叶、残花等摘除，灰霉病病菌易侵染这些败叶，这些带菌败叶掉在植株茎秆上后会导致茎秆烂掉出现死棵。应及时将植株上的病部、黄叶、残花等疏除，防治其落在茎秆上，从而有效避免感染的植株，可以用水将菌核净稀释成糊状后涂抹病部，在涂抹前先用刀将病部霉层刮净，然后涂抹药物，以保证防治效果。