番茄青枯病是一种细菌性病害，主要为害茎和叶片，一般成株期发病，先是顶叶萎蔫下垂，然后下部叶片凋萎，最后中部叶片凋萎，也有一侧叶片先萎蔫或全株叶片同时萎蔫。发病初期，病株白天萎蔫，傍晚恢复，病叶浅绿色。发病后若土壤干燥，气温偏高，2～3天全株凋萎，如气温偏低，连续阴雨或土壤含水量较高，病株可持续5～7天后枯死，但叶片仍保持绿色或浅绿色，故称青枯病。病茎可见初为水浸状后变褐色斑块。横剖病茎可见维管束为褐色，用手压较嫩病茎，可见切面有白色菌液从维管束溢出，这是青枯病的典型症状。
枯萎病，又称萎蔫病，是一种土传真菌性病害，主要为害根茎部。一般开花结果期发病，初期植株中下部叶片在中午前后萎蔫下垂，早晚又恢复正常，叶色稍淡，似缺水症状，最后枯死，但叶片不脱落。有时仅在植株一侧发病，另一侧生长正常。茎基部近地面处呈水浸状，潮湿时产生粉红色霉状物，即分子孢子梗和分生孢子。横剖病茎可见维管束为褐色，用手挤压无菌液渗出，这是与青枯病的主要区别。
总之，番茄青枯病和枯萎病为害的共同症状：整株或局部萎蔫，无明显病斑，茎基部维管束均为褐色。不同的是番茄青枯病植株枯死，叶片不变色，仍保持绿色，横切面挤压后有白色菌液渗出；而枯萎病枯死后，叶色变黄，横切面经挤压无菌液渗出。