单干整枝，这种方法一般适用于大型果西红柿。单干整枝就是每株只留一个主干，把所有的侧枝都陆续摘除。一般每株留5-7穗果时摘心（即打头）。摘心时，一般在最后一穗果上部留下2、3片叶，否则会严重影响最上部这穗果的正常生长，甚至会造成落花落果。
双干整枝，这种方法多用于樱桃西红柿品种。双干整枝是在单干整枝的基础上，又另选一个侧枝作为第二主干（结果枝）。或者在幼苗期将主干摘心，再同时选取两个侧枝作为两个主干，其它管理与单干整枝一样。
连续单干整枝，这种方法用于半停心性西红柿品种。连续单干整枝是把第一花穗下第一侧枝及以下所有侧枝全部摘除，留植株在封顶的最上位侧枝代替主干继续向上延伸。当此侧枝又出现封顶时，在此侧枝上选最上位侧芽代替侧枝继续向上延伸，如此反复达到要求高度，或留够所要求的花穗数。
整枝注意事项：
⑴西红柿地上部和根系有着相互促进的关系，过早整枝会影响根系生长。因此打杈不可过早，第一花穗下部的腋芽应在腋芽长至3厘米长时进行。⑵采用单干连续整枝时，首先要保证肥水充足，必须注意上部侧枝的选留和培养，防止造成下部的都摘除掉，而上部的最终培养不出来，影响了正常生长。⑶打杈时，要求不留桩，不能带掉主轴上过多的皮，要尽可能减少伤口面，一般不用剪刀等工具，因用剪刀更容易传染病毒。⑷整枝、打杈应在晴天上午10时至下午3时进行，以利于伤口愈合，减少病害发生的几率，切不可在连阴天或有大量露水的情况下进行。⑸大棚越冬茬，冬春茬栽培常采用普通单干整枝，现在常见大型果（大红或大粉）品种每亩栽2500株左右，每株留4-6穗果，每穗结果2-3个。⑹大棚秋冬茬，大棚春茬栽培中，常采用连续单干整枝和连续摘心整枝法。在运用这两种整枝法时，一定要重视疏花疏果。一般单株留果5-10穗，每穗留2-3个果。