番茄植株定植以后，就可以开始用营养液滴灌。每株安装一个滴头，如果基质中已混合肥料，则定植后第一周只浇清水就可以了，开始时每天浇300～400毫升，视植株大小和天气情况而定。植株长大以后，结果多、叶面积大时，最多每株每天浇营养液1.5升。定植后营养液的电导度控制在2.0～2.5为宜。营养液酸碱度也十分重要，虽然pH值5.5～6.5对番茄生长发育是适宜的，但实际使用中一般控制在5.8～6.0之间，如pH值为3.0，则磷酸铁盐开始沉淀，从而使滴灌系统堵塞，作物也会因为缺乏这些元素而产生营养缺乏症。
有机生态型栽培方式的营养供应通过定期追肥来解决。先在基质中按每立方米基质混入10～15千克消毒鸡粪、1千克磷酸二铵、1.5千克硫铵、1.5千克硫酸钾作基肥，定植20天左右开始第一次追肥，以后每10天迫肥1次，整个生长期追肥10次。经过多年的试验研究，中国农业科学院蔬菜花卉所无土栽培组配制的“园艺1#”(全有机型)、“园艺2#”(有机无机型)、“园艺3#”(全无机型)有比较好的效果。水分供应以滴灌带浇灌清水即可。