西红柿芽枯病发生部位一般在植株第二、第三穗果的着生处附近。发病株腋芽处出现纵缝，形成裂痕，呈竖“一”字形或“Y”形，裂痕边缘有时不整齐，但没有虫粪，芽枯病发生严重的植株，生长点枯死不再向上生长，而是出现多分枝向上长的情况。
防治措施
1、西红柿定植后及时喷施新高脂膜可有效防止地上水分不蒸发，苗体水分不蒸腾，隔绝病虫害，缩短缓苗期，同时注意中午放风，不使棚室内温度超过35℃；或及时采用遮阳网覆盖，以降低光照强度，避免造成高温危害；也可以在高温的中午，在叶面喷洒清水，以降低周围温度。
2、在番茄生长期实行配方施肥技术，并适当增加硼、锌等微肥的施用，适时中耕除草，合理浇水，喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化；同时在开花结果期及时喷施菜果壮蒂灵增强花粉受精质量，提高循环坐果率，促进果实发育，防裂果、畸形果发生，使西红柿品质提高，连连丰产。
3、芽枯病发生后，要注意培养出新的结果果穗，去掉一些徒长枝杈，并喷施新高脂膜形成保护膜，防止病菌侵入；同时在适当的位置留一穗生长较好的花序，用它代替失去的果穗，以减少产量损失，必要时用浓度为0.1%至0.2%的硼砂溶液加新高脂膜800倍液对植株进行叶面喷洒，每隔7至10天一次，连喷2至3次，提高植株抗病能力。