西红柿的立枯病与茎基腐病同属立枯丝核菌，都是土传病害，两者危害症状相同，但危害时期不同，在苗床上小苗期发生的为立枯病，在大苗期及初果期发生的为茎基腐病。
两者发病时，都会侵染茎基部及西红柿的主侧根，病部呈暗褐色病斑，后使茎基部皮层失水干缩，致使根系吸收的水分不能正常运输到植株上部，从而导致植株萎蔫死亡。
菜农在预防西红柿立枯病时，应重点对育苗土进行消毒，做到无菌化育苗。在育苗时可用30%的多福（多菌灵与福美双复配剂）可湿性按每平方米用药量4克与土拌匀后使用；当发病时可用72.2%的福美双水剂800倍液喷施预防。
对于茎基腐病，菜农在西红柿定植时，先使用95%恶霉灵5000倍液进行蘸根，防止病菌的侵染。，同时不要过早地覆盖地膜，防止棚内温度较高时，地膜阻挡水分蒸发，地面湿度大，引起茎基腐病的大量发生。在覆盖地膜前，每次浇水后都要及时划锄，降低地面湿度，抑制病害的发生。当西红柿大苗侵染病菌后，菜农可以使用20%甲基立枯磷或30%苯噻氰1200倍液进行喷雾防治，对于发病严重的植株，菜农还可使用78%科博可湿性粉剂200倍液涂抹病部。