在番茄制种中，脐腐病每年都有发生，既降低了种子产量，又影响了种子质量（发芽率、色泽），使生产者的利益受到严重损失。现将其病因及防治措施介绍如下。
一、病症。病斑发生于幼果脐部，最初呈水浸状，暗绿色，很快变成黑色或暗褐色，直径从1～2厘米可以扩展到半个果实以上。病斑内部果肉组织崩溃收缩，被害部位呈显著扁平状。果实发病后，健全部分提早变红，病部果皮质地柔软，潮湿环境下病斑上生出粉红状霉状物。
二、病原。番茄脐腐病是一种生理性病害，水分供应失调是诱发此病的主要原因。当水分正常供应和植株正常生长时，植株各器官组织之间的供水是平衡的。在干旱时，由于水分供应不足，番茄叶部细胞的渗透压比绿果细胞的渗透压要高一二个大气压，输送至果实的水分为叶部所夺取，甚至果实内部的原有水分也为上部所摄取。因此，离水分供应点――根系最近的绿果脐部首先受到干旱的影响，大量失水引起组织坏死而形成脐腐。也有人认为，土壤中可吸收钙质不足，植株吸收钙的能力下降，果实内含钙较少，致使脐部细胞生理紊乱，失去控制水分的能力而发病。
三、影响发病的因素。①果实发育初期至中期容易发病，鸡蛋大小时最易发病，成熟果一般不易发病。②番茄植株骤然遭受干旱发病严重。如多雨季节后接着干旱，前期灌水多，后期不灌水。③植株根部发育不良或田间缺水，叶部蒸腾量远远超过根部的吸水量时容易发病。④偏施氨肥，植株徒长，在需水很大的情况下骤然干旱易发病。⑤施用未熟的有机肥或追肥量太大引起烧根，影响水分正常吸收，促使脐腐病发生。⑥表土浅或砂质土壤或粘土地，使土壤中水分变动剧烈，易发病。⑦果实内钙的含量低于0.2％时也易发病。⑧番茄花柱粗，不易脱落，易遭受腐生菌的浸染，扩大果实受害面积。
总之，土壤水分变动过大，外界高温干燥，植物吸水力弱，而蒸腾量增高，易造成脐腐病发生。
四、防治措施。①管理上必须保证水分均匀供应。特别是在初夏温度急剧上升时，尤其要注意水分供给。田间浇水宜在早晨或傍晚进行。②选保水力强、土层深厚的壤土制种，土壤过粘或含砂量过多的地块不宜制种。③培育优质壮苗，促进根系发育，提高抗病力。开花后及时进行植株整理，打除无用枝杈，减少植株水分的消耗。④追施化肥不能一次太多，以免引起烧根，加重发病。⑤采用地膜覆盖栽培，以提高地温，促进根系发育。⑥对于缺钙的土壤，每667平方米可施100千克过磷酸钙做底肥。⑦开始坐果时，田间措施石灰可以预防脐腐病。始花期开始，叶面喷0.5％氯化钙溶液或绿芬维400倍液，每周一次，连喷三四次，防治效果良好。