根茎部病害是番茄常见病害之一，不仅影响植株的正常生长，严重的甚至导致整株死亡。对于发病初期的番茄，常规的防治措施是对其茎基部进行清理，使根茎基部暴露，淋注72.2％普力克水剂600倍液，7～10天涂抹1次，连涂2～3次，有很好的预防作用。但对于发病中期的番茄，效果却并不理想。根据番茄易发不定根的特性，采用断根技术可以较好地解决这个难题。在番茄发病中期，采取切断发病的主侧根、在茎基部以上堆栽培基质促发不定根的方法，可以使番茄重新获得健康生长。
1、发病植株症状
发病时，番茄地上部已出现中度萎蔫，地下主根和部分侧根切断时髓部已变褐色，经判断属于番茄疫霉根腐病。基质温度17℃左右，气温14℃～22℃。
2、断根技术的应用
2.1断根。把番茄树的茎基部暴露出来，用竹片轻轻刮除病部组织，把发病一侧的主根和侧根一并切除，然后在裸露的新组织切口处涂抹64％杀毒矾200倍液，起到杀菌和预防感染的作用，保持切口裸露干爽。
2.2药剂涂抹，促发新根。从番茄茎基部健康组织以上20厘米涂抹生根粉液，涂抹好后，给除切口外20厘米茎高堆拢栽培基质，用营养液灌透。
2.3肥水管理。交替浇灌番茄营养液和发酵鸡粪水，并使所浇灌肥水温度达到30℃。在切断主根的情况下，不定根的吸收能力远远不能满足植株地上部对养分和水分的需求，加上番茄自身的蒸腾作用也要消耗很多水分，所以从切断根系起，要给番茄进行喷水和叶面肥，以避免因番茄根系吸收能力弱而导致枝叶萎蔫，一般刚断根时每天中午喷水2～3次，3天左右喷1次叶面肥。常用的叶面肥有磷酸二氢钾200～500倍液、5％葡萄糖500倍液或氨基酸类叶面肥等，交替使用效果更好。
2.4整枝。断根后生长期间，对番茄的地上部分进行重剪，剪除细弱侧枝，摘掉花蕾和果实，使有限的养分供应来完成营养生长需求，以促进植株尽快恢复。2个月后，不定根输送营养已经基本满足地上部需求，减少叶面喷水次数，继续加强肥水管理，促进根系再生长。