夏秋季节常用土窖、地下室或地道等温度较稳定的地下设施贮藏番茄，要抓好消毒、预贮和管理等几个环节。
贮藏前，可首先用0.5%漂白粉液或0.5%的过氧乙酸对包装容器及贮藏室进行喷雾消毒。然后把在通风阴凉处经过8-12小时预冷的绿熟期或微熟期的番茄挑选装筐，放入地下设施中，或将果筐平放在地面上，或将番茄堆放在菜架上，每层架放2-3层果，每3-5天翻检一次，剔除腐烂果实，或挑选出已成熟或不宜继续贮藏的果实供应市场。用这种方法，在室温下一般可贮藏20天左右，如能通风换气，降温排湿，使温度保持在10-12℃，相对湿度为80%-85%则可贮藏30天以上。