一、播后不出芽或出芽不齐 番茄较耐寒，一般经浸种催芽后都能出苗。但有时播后温度较低，苗畦内较冷，种子可能暂时不出芽，待天气好转后仍能发芽。不发芽现象主要是长期低温，或播种时苗畦过干，没浇透水，喷水不足，水分被下部干土吸掉，形成“搁干”现象。一般播后7-8天不发芽就应找原因进行及时补救。
二、冻害 番茄幼苗冻死或冻坏，主要是受到0℃以下低温影响，细胞间隙间水分结冻，浓度变高，并向细胞内夺取水分，使细胞液内水分外流，同时细胞间隙结冻，压挤细胞受机械损伤而产生冻害，引起局部干枯或死亡现象。预防办法：1、留意天气预报，冷空气来时，晚上在小拱棚上加盖稻草防寒保温，白天揭开稻草利于透光升温。2、培育壮苗和炼苗，因为壮苗细胞液内糖分等营养物质含量高，浓度大，能将冰点降低，这是壮苗比徒长苗更能抗冻害的主要原因。
三、闪苗 “闪苗”是由于环境条件突然改变而造成的叶片凋萎、干枯现象。这种现象在整个苗期都可发生，而以定植前最为严重。闪苗与苗质、温度、空气湿度都有关系，如果幼苗在苗畦内长期不进行通风，苗畦内温度较高，湿度较大，幼苗生长幼嫩，这时突然通风，外界温度较低，空气干燥，幼苗会因突然失水出现凋萎现象。避免“闪苗”首先要培育壮苗，幼苗经常通风，叶片厚实、浓绿，一般不会出现“闪苗”现象。如果幼苗出现凋萎现象，要立即把覆盖物盖好，短时凋萎还能恢复，这样反复揭盖几次使幼苗适应露地气候，再撤覆盖物。
四、幼苗猝倒或死亡 番茄在育苗过程中经常出现猝倒或死亡现象。发病多在小苗2-3片真叶时，在苗茎与地面接触的地方颜色失绿变淡，出现水浸状，以后病部收缩变细呈线状，经太阳晒后，幼苗便折倒、死亡。引起幼苗腐烂和死亡的有早疫病、灰霉病和菌核病等，虫咬断死亡的是地老虎危害。预防办法：1、播种前，将适量百菌清或瑞毒霉等杀菌剂和米乐尔或乐斯本杀虫剂施于苗畦或营养土中;2、保持畦内适度干燥，根据育苗经验，普遍认为干比湿好。畦面半干半湿，空气湿度较低，幼苗不徒长，根系发达，一般不会死苗和倒苗。