一、空洞果 就是果实的横断面为多角形，果肉部与果腔之间能看到十分明显的空隙，感观差，生食无味。导致空洞的原因，一是有的早熟品种和圆形品种中空果较多；二是花器官成熟前过早地施用了激素；三是偏施了氮素肥料，营养生长过旺，减少了果实养分的积累；四是高温寡照，光合产物少，消耗养分多；五是花粉发育不良，授粉授精不彻底；六是施用2，4-D或番茄灵等激素浓度过大。
预防方法：一要选好番茄品种；二要增施磷钾肥料，调减氮素肥料；三要在花器官成熟时正确施用保花保果激素，不能重复沾花，并辅助授粉；四是不要过早移栽番茄幼苗，以防中后期旺长；五是不早摘番茄顶心；六要在秋冬茬番茄顶部一穗果形成后，及时摘除老叶。
二、多型裂果 裂果大致有三种，一种是以果蒂为中心，在果面上呈放射状裂沟，有时胎座组织及种子随果皮外翻；二种是以果蒂为中心，围绕果蒂在果面上呈环状裂沟；三种是条状裂果，在果面的横向或纵向呈条状封闭式裂沟。这类裂果，易感染早疫、晚疫病或细菌侵染而腐烂。形成原因，一是高温、干燥、强光的环境，使番茄果实内部细胞中糖分浓度增加，渗透压增高，吸水力增强，突然遭遇大雨或灌水过多，果内膨压增大，会撑破表皮；二是对花器养分供应不足，特别是缺少钙、硼等营养元素；三是大型果、圆形果、薄皮果易发裂果。
预防方法：1、选不易裂果的品种；2、深翻耕地，深施有机肥，创造良好的保肥保水环境，以防土壤干燥；3、提倡高垅栽培，促根下扎，提高抗逆能力；4、番茄整枝时，注意留下一定的叶片遮光，防止高温引起果皮老化。
三、褐色筋腐果 褐色筋腐病的主要特征是病果横剖面可见果皮中的维管束发生褐色坏死，严重的染至果肉，果肉僵硬，有的还有坏死斑。果实表面有明显的绿斑或浅绿斑。主要是温、光、水、气等生态因子及施肥不当所致。
预防方法：一是进行高垅栽培，提高地温，便于排灌；二是适当稀植，降低湿度，减少荫蔽，改善光照条件，提高光合效率；三是增施有机肥，配施磷钾肥，酌减氮肥，喷施惠满丰活性液肥500-800倍液。