番茄适宜分苗1～2次，以1次较为普遍。番茄苗不宜进行多次分苗的主要原因：
一、容易伤根 因为分苗次数越多，对根系的伤害也就越重，容易造成根系过早老化。
二、形成老化苗 分苗次数过多，根系始终得不到充分扩展，吸收能力较弱，导致幼苗生长因营养供应不足而受到抑制，当幼苗生长受抑制的时间过长，便会形成老化苗。
三、延长育苗期 实践证明，番茄每分一次苗，由于分苗前的炼苗以及栽苗后的缓苗等原因，培育出同样大小的番茄苗，育苗时间就要相应延长5～8天，在环境条件不适宜时，延长的时间更长。
四、对番茄苗的其他伤害 如分苗过程中小苗容易受到饥饿伤害；在花芽分化期里进行分苗，会对花芽分化产生不良影响。