随着气温逐渐下降，越冬棚室栽培的番茄面临着低温考验。番茄是喜温作物，在寒冷的环境里耐受程度是有限的。在冬季栽培番茄或育苗时，若遭遇低温或霜冻会受到低温寒害，棚室温度长时间在5℃~10℃时叶片就会呈现暗绿色或水浸状，气温持续徘徊在5℃时叶缘就会失绿。在突然遭遇霜冻等大温差变化时(温度2℃以下)，花青素增加使叶片显示紫红色并萎蔫枯死。长时间生存在5℃以下的低温环境里，叶片会失绿，呈白化状，严重时植株死亡。
越冬番茄冻害症状与番茄缺镁症状非常容易混淆。缺镁症是因镁元素的缺乏造成叶片退绿黄化。虽然低温、氮磷肥过量会影响镁元素的吸收，易出现缺镁症，但考虑到季节气候，在气温较低的深冬，如果出现叶片退绿，很可能是低温冻害。
除选择耐寒抗低温、弱光品种外，提高棚室保温能力是预防冻害的主要措施。加厚土墙厚度，加大草毡密度，温室内扣拱棚等措施进行提温抗寒。若突遇霜寒，应采取临时加温措施，如铺地热线。药剂防治可选用抗寒剂，可用3.4%碧护可湿性粉剂5000~7500倍液，或15升水加50克红糖加0.3%的磷酸二氢钾喷施。