樱桃西红柿除了施用氮、磷、钾肥外，注意增施钙、硼肥。生产1000公斤樱桃西红柿需纯氮3.85公斤，五氧化二磷1.15公斤，氧化钾4.44公斤。定植前，每亩施有机肥5000公斤，生物有机复合肥200公斤，尿素50公斤，过磷酸钙30~50公斤，硫酸钾40公斤，钙肥100公斤，硼砂1.5公斤。
一般在第一穗果开始膨大时，可进行第一次追肥，每亩施纯氮5公斤，氧化钾6公斤。第二次追肥是在第一次穗果即将采收，第二穗果膨大时，每亩施纯氮5公斤，氧化钾6~7公斤。第三次追肥在第二穗果即将采收，第三穗果膨大时，每亩施纯氮4公斤，氧化钾5~6公斤。