番茄种子在播种前，若没有经过包衣处理，宜先进行种子消毒处理，灭除种子上所带的多种病原菌，为培育无病壮苗，防止病菌传播蔓延，打下一个良好的基础：A番茄种子带菌种类：
①真菌病害：如早疫病，叶霉病，斑枯病，炭疽病，枯萎病，黄萎病，灰叶斑病等；
②细菌病害，如：溃疡病，疮痂病，斑疹病等；
③病毒病害：如烟草花叶病毒（TMV）；B种子消毒方法：先在阳光下晒种2～3d（天），并检去破籽，瘪籽，霉籽等，再进行种子消毒处理。较常见的种子消毒方法有以下几种，可根据生产条件选择适宜的方法：
－－温汤浸种：先用凉水浸种10分钟，使种子表面吸透水，捞出种子，再放到50～52℃的温水中浸泡15～30分钟，在此期间，要不断按一个方向搅动种子，并酌情添加热水，使水温保持在适温范围内，最好用温度计测定水温，浸泡时间到后，捞出种子，放到凉水中，使种子降温，然后浸种催芽。此方法简单易行，可防治种子上所带的早疫病，叶霉病，斑枯病，溃疡病等病害的病原物；
－－磷酸三钠溶液浸种：先用凉水浸种3～4小时，捞出种子，再放到10%磷酸三钠溶液中浸泡20～30分钟，再捞出并用清水冲洗种子三次后（种子表面无滑腻感时），再催芽播种，这样可使种子表面的病毒失去浸染能力，是防治病毒病的主要措施之一；
－－链霉素溶液浸种：用200mg/kg浓度的硫酸链霉素溶液，浸种2小时后，捞出种子并用清水冲洗种子三次，再催芽播种，可防治种子上带的细菌病原物；
－－高锰酸钾溶液浸种：先用40℃的温水浸种3～4小时，捞出，再放入1%高锰酸钾溶液中浸泡10～15分钟，再捞出，用清水冲洗3次后，催芽播种，可防治种子上带的细菌病原物；
－－硫酸铜溶液浸种：先用01%硫酸铜溶液浸种5分钟，捞出种子，用清水冲洗3次后，再催芽播种，可防治种子上带的枯萎病和黄萎病的病原物；
－－干热灭菌：把种子摊放在垣温干燥器内，厚2～3cm，在60℃下，通风干燥2～3小时，然后再升温至75℃，干热处理3d（天），可使种子表面及内部的病原物失去浸染能力，经过干热处理的种子与未经干热处理的种子相比，发芽时间推迟1～3d（天）。种子经过干热处理后，应在一年内播种使用，不宜存放过久。在干热处理时，一定要把温度调节好，不能偏高或偏低。