西红柿很容易出现畸形果，果实表现畸形怪状，如尖顶形；脐部突出，似鹰嘴状；多棱形；增瘤形（在脐部或近蒂部增长出显著的瘤状突起）；半顶形（果实顶部膨大，另半部不膨大或膨大不够，形成半边果顶）。此外还有桃形果、指形果、疤果、多心室裂果、籽外露果等。其中以尖顶形、多棱形和盘形畸形西红柿果实最多见。这些都使西红柿的商品价值降低，影响经济效益。
一、发生原因1.低温。在花芽分化和发育期，若连续5～6天遇到3℃～4℃的低夜温，极易产生畸形果。冬、春茬番茄的第1～2穗果易出现畸形果，多是由低温造成的。2.苗期拉长。若低温或干旱持续时间长，幼苗处在抑制生长条件下，花器官发育期拉长、易木栓化，后转入适宜条件下、木栓化组织不能适应组织的迅速生长，极易形成裂果、疤果。3.施肥不合理。氮肥过多，会使花芽过度分化，心室数目增多，形成多心室畸形果。4.使用激素不当。为防止落花落果，常采用2，4-D或番茄灵蘸花，如果浓度过高、重复蘸花，或蘸花时温度过高、土壤干旱等情况时，容易产生畸形果。对未开放的花进行药剂蘸花，易产生空洞果。另外，秧苗发生徒长时，使用植物生长调节剂浓度大或次数多，使秧苗控住，再蘸花时也易产生畸形果。
二、防治措施
1.选用不易产生畸形果的品种。一般耐低温、弱光性强、抗旱涝、抗逆性强的品种不易出现畸形果。
2.加强苗期管理，培育适龄壮苗。提倡采用电热线快速育苗；苗床要光照充足并适时适量通风，幼苗出土后要控制好温度 ，保持白天20℃～25℃、夜间13℃～17℃。保持苗床土壤湿润、水分适宜，以利花芽分化，育出节间短，60天左右的适龄壮苗。
3.搞好疏花疏果。因植株上的第1～3穗果的第1果易形成畸形果，应在蘸花前疏去。发生畸形果后要及时摘除，以利正常花、果的发育。
4.正确运用蘸花技术。以当天开放的花为蘸花的最佳时机，蘸花时间宜在上午8～10时，下午15～17时，并做到随开随蘸。为避免重复蘸花，可在药液中加入少量的红广告色或墨汁作标记。蘸花应选用番茄灵。药液浓度要严格按照使用说明书配制，并依据温度高低灵活掌握，温度高时、浓度小些，温度低时、浓度大些。
5.合理施肥浇水。施肥要做到氮、磷、钾、微量元素配合使用。采用配方施肥，避免偏施、过施氮肥，适量增施磷、钾肥，使花芽分化及花器得到正常生长发育所需营养物质，防止分化出多心皮及形成带状扁形花而发育成畸形果。可喷施应天2号多功能生物制剂600倍液，10～15天一次，连用2次；同时根据植株长势、长相、天气等情况和番茄的需水量合理浇水，切忌土壤忽干忽湿。
6.合理调控植株生长。植株出现徒长即营养生长过旺时，切勿采用急剧降温、干旱“控苗”，或滥用植物生长调节剂等措施进行控制，应通过适度通风降温和适当控制湿度，喷施800倍应天2号1～2次即可。