前几年西红柿冬季主要发生的病害是早疫病、晚疫病和叶霉病，最近两年由于受西红柿病毒病的影响，很多地区都种植了抗病毒的品种，一些品种对于某些真菌性和细菌性的病害抵抗能力较低，除这三种病害以外，近一段时期，在抗病毒的品种上，西红柿灰叶斑病发生的也较为严重。
一、灰叶斑病。
1、发病症状：发病初期叶面布满圆形或不正圆形的暗褐色小斑点，呈水浸状，并沿叶脉向四周扩大，发展为不规则形病斑。病斑中部渐褪色为灰白至灰褐色。病斑稍凹陷，小而多，直径2~4毫米，极薄，后期易破裂、穿孔或脱落。
2、防治：发病后可以使用33.5%喹啉酮750倍液或铜高尚600倍液混加25%溴菌腈500倍液进行叶面喷施，5~7天一次，连续2~3次。
二、细菌性髓枯病。细菌性髓枯病又称细菌性髓部坏死，在冬季西红柿的管理上应重点防治。
1、症状：主要在西红柿下部的茎杆内发病，发病后茎杆上生成大量的不定根，剖开茎杆可以看到髓腔内有透明的胶状物，叶片失水萎蔫。
2、防治：细菌性病害关键是前期预防，在此特别提醒近段时间换茬的菜农们，西红柿定植缓苗后应该每隔7~10天用23%络氨铜混加25%甲霜灵·霜脲氰500倍液进行灌根，连续2~3次就可以起到预防的效果。对于发病的植株可以使用上述药剂向茎秆中注射，来控制病害的发展。
对于冬季西红柿病害的防治，还应注意与棚室管理相结合，白天温度控制在25~30℃，夜间温度保持在14℃左右。相对湿度在80%以上时利于大部分病害的发生，所以应及时通风，合理浇水，降低棚内湿度。同时注意整枝打叉，避免氮肥过量，提高植株的抗病能力。