番茄猝倒病常发生在幼苗出土后、真叶尚未展开前，病菌侵染后幼茎基部发生水渍状暗色斑，继而绕茎扩展，逐渐缢缩呈细线状，使幼苗地上部因失去支撑能力而倒状，苗床湿度大时，在病苗或其附近床面上常密生白色绵絮状菌丝。苗床低温高湿，幼苗生长缓慢时易发病。主要防治方法如下：
1、采用快速育苗或无土育苗法，做好苗床穴盘及棚室的消毒。加强苗床管理，看苗适时适量放风，避免低温、高湿条件出现，不要阴雨天浇水。
2、苗期喷施0.1％～0.2％磷酸二氢钾、0.05％～0.1％氯化钙等，提高抗病力。
3、苗床消毒，每平方米苗床可选用40％五氯硝基苯9～10克，加细土4.0～4.5千克拌匀，播前一次浇透底水，待水渗下后，取1/3药土撒在畦面，下种后再把余下的2/3药土覆盖在上面。也可在发病前或发病初期用72.2％普力克水剂400倍液喷淋，每平方米用药液2～3升。
4、及时进行药剂防治，可喷72％克露可湿性粉剂600倍液、或72％安克锰锌可湿性粉剂1000倍液、或％雷多米尔可湿性粉剂500倍液，或75％百菌清可湿性粉剂600倍液、或64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液、72.2％普力克水剂600倍液，隔7～10天一次，视病情防治1～2次。