当株高约33cm时要及时插竹、缚蔓、时同摘除侧芽、整枝，适时去顶。至结果6～7序后，及时摘除顶芽。一般将第一序果以下的叶子摘除，保留中间和顶部叶，以遮果防日灼。整枝有以下几种：
1.1单干整枝：只留主干，其余侧芽摘除。一般适宜非自封顶类型番茄。
1.2壹干半整枝：除留主干外，还留第一花序下的第一个侧芽，当侧芽有1～2序花时，摘除侧芽生长点。适宜非自封顶美型番茄和自封顶类型番茄。
1.3双干整枝：除留主干外，还留第一花序下的第一个侧芽，让其生长开花。一般适宜自封顶类型番茄。
注意：整枝时可根据种植密度来确定用三种不同的方法，也可用其中的一种或两种。整枝最好不要用工具，以免传播病害，整枝最好安排在晴天进行，切忌雨前或雨后整枝。