大棚番茄易发生青枯病，对产量有很大的影响，严重发病时基本失收。青枯病是一种细菌性病害，病原菌主要是通过土壤传播。化学防治效果较差，主要以农业防治为主。番茄通过嫁接青抗1号等砧木品种，能显著提高对青枯病的抗性。
一、接穗品种选用。选用适应市场需要的优良品种，如引自澳大利亚的石头果、荷兰的伊利果及我国华南红宝石等良种。
二、播种前准备。选用种子籽粒饱满、发芽率高的当年或隔1年生的种子。用冷水浸4－5小时，再用种子消毒剂浸泡40－50分钟消毒，洗净后保持20－30℃催芽。一般24小时左右后即可播种，苗床宽为90厘米最好，便于嫁接时操作。每亩大田需留苗床(砧木圃)25平方米，苗床应两畦并列，以利于嫁接时覆盖遮阳网。
三、适时播种育苗。大棚番茄一般于1月中下旬播种。嫁接番茄育苗比普通育苗应提前7－10天，以利及时定植。砧木品种采用营养钵育苗或苗床假植育苗。即砧木种子出苗后，当幼苗长至2－3片真叶时，选择晴天将幼苗移植到营养杯中，或按10厘米×10厘米移栽到苗床。移栽后及时浇定根水，要加强肥水管理，培育节间中等、主茎粗壮的健壮苗。接穗品种根据气候条件适当比砧木晚播7天左右，或在砧木出现一片真叶时播种。接穗品种应适当稀播，不再进行移苗假植，接穗苗床离砧木苗床不宜太远，以免嫁接时采接穗不便。由于气候变化的原因，砧木、接穗生长速度差异较大时，应采取调水分、温度施肥等措施，促进生长速度的一致。同时要及时防治病虫害危害幼苗(猝倒病)。
四、嫁接工具准备。双面刀片、嫁接夹、接穗盘、纱棉布、内拱架农用塑料膜等。
五、采用切接方法。番茄嫁接方法主要有劈接和插接，以劈接(切接)为主。嫁接应选择在棚温20－28℃的晴天进行，干热、阴雨天不宜嫁接，晴天应在遮光条件下作业。经几年试验，下午5时至晚上12时嫁接最适宜，成活率高达98％以上。在砧木5－6片真叶时嫁接，将砧木苗床提前一天淋足水，并喷高效灭菌剂灭菌。嫁接时，将砧木苗保留基部2－3片真叶处切断，一般留10厘米高，真叶上应留2－2.5厘米高，并在横茎中央垂直向下切1.5－2厘米切口，然后，将接穗保留顶部2－3片真叶，相反方向各斜削一刀，成小“V”字形，小心插入砧木切口，对齐后用嫁接夹固定。嫁接时应一边嫁接，一边在大棚内打好小拱棚。做到边嫁接边盖薄膜，防止水分损失，以利提高成活率。
六、嫁接苗管理。嫁接苗成活率的高低，除了嫁接操作质量外，更重要的是接后管理。遮阳网要选用遮光率达80％以上的遮阳网，保持一定的温度和湿度，棚内温度超过30℃、相对湿度大于90％时。应适当通风，每次通风时间不宜过长，当温度降至在20－25℃时为适宜。随着接后天数增加，通风时间应拉长，3－6天后，可透散射光，接后5－7天，视天气接口愈合情况，可去除嫁接夹，同时降低遮光率，逐步过度到完全撤走棚膜和遮阳网。10天后完全进行正常育苗管理，并及时抹除砧木腋芽，拔除未接活及感病苗。
七、嫁接苗定植。嫁接苗定植时，应选择接口愈合完好、生长正常的健壮苗，栽植时接口应距地面10厘米以上，后期培土也应防止掩埋接口，避免接穗重新发根入土。嫁接番茄主要是预防青枯病等土传病害，但对晚疫病、灰霉病、绵疫病等主要依靠空气和昆虫传播的病害没有防效，因而仍然要按常规栽培措施及时进行防治。