番茄生理性病害主要有日烧病、脐腐病、筋腐病以及裂果等。了解病因，在管理上下工夫，是防治番茄生理性病害的途径。
日烧病
田间多见日烧病发生于果实上，形成日烧果。多是膨大期绿果出现日烧。果实的向阳面出现大块褪绿变白的病斑，与周围健全组织界限比较明显，病斑部后期变干、革质状、变薄、组织坏死。
防治方法：
1、注意合理密植，适时、适度整枝打杈，使茎叶相互掩蔽，果实不受阳光直射。
2、注意作物行向，一般南北行向日烧病发病较轻。
3、温室、大棚温度过高时，及时通风、促使叶面果面温度下降，或及时灌水，降低植株体温。阳光过强时，可隔畦覆盖帘子或覆盖遮阳网。喷施85%比久(B9)可溶性水剂2000～3000p p m ，或0.1%硫酸锌或者硫酸铜，增加番茄抗日烧能力。
脐腐病
青果最易发病。病斑发生在果实顶端脐部，即花器残余部位及其附近，故称脐腐病。病部初期呈水浸状暗绿色，发病部位的果肉组织崩溃收缩呈显著扁平状。受害果实的健全部位提前变红。病部在潮湿条件下，往往被腐生菌侵染，在病斑上产生墨绿色、黑色或粉红色的霉状物。
防治方法：
1、加强管理，保证植株水分的均匀供应，特别在初夏温度急剧上升时，须注意掌握水分的供应，田间浇水宜在早晨或傍晚进行。
2、选择保肥水力强、土层深厚的砂壤土种番茄。对土壤过粘或含砂过多，应结合深耕多施有机肥料，如堆肥、绿肥等，改良土壤性状，增强其保肥水能力。
3、合理施肥。避免使用没有腐熟的有机肥料，或施用肥料浓度过高，烧伤根系。注意氮、磷、钾肥的合理配施，勿过多偏施氮肥。在番茄开始坐果后30天内，适当增施钙素肥料，可用1%过磷酸钙、0.1%氯化钙或0.1%硝酸钙进行根外追肥，从初花期开始喷1次，隔15天再喷1次，能收到良好的防病效果。
筋腐病
番茄筋腐病是保护地番茄栽培中常发生的生理病害，病果率可达20%～35%。它是一种危害果实的生理性病害，主要症状是果实着色不匀，横切后可见果肉维管束组织呈黑褐色。发病较轻的果实，部分维管束变褐坏死，果实外形虽没有变化，但维管束变褐部位不转红。发病较重的果实，果肉维管束全部呈黑褐色，病果胎座组织发育不良，部分果实伴有空腔发生，果实表面呈明显的红绿不均，严重时发病部位呈淡褐色，表面变硬。
番茄筋腐病的发病时期，由于栽培方式的不同而有所差别。冬春栽培的番茄多在第一、第二穗果大量发生。病果在转红期暴露病症。
防治方法：
1、选择抗病品种。目前“西粉三号”和“早丰”病果率较低，可作为重发地区的主栽品种，但在不同地区的发病情况有所不同。
2、注意轮作换茬。尤其是大棚实行轮作换茬更为必要，以利于缓和土壤养分的失衡状态。
3、提高管理水平。保护地番茄栽培，要避免光照不足、多肥、土壤供氧不足等现象。要注意改善光照条件，增加保护地覆盖材料的透光率。幼苗定植不要过密和生长不要过于繁茂，冬春茬栽培苗龄不小于60天。
4、适量施用化肥，氮、磷、钾肥配合适当，避免偏施氮肥，尤其注意不要过量施用氨态氮肥。增施钾肥，多施用腐熟有机肥，改善土壤物理性状，增强土壤保水、排水能力和通透性。
5、适当灌水，一次不要灌水过多，保持土壤适宜湿度。雨后注意排水。果实坐果后，15～20天喷施磷酸二氢钾等复合微肥，连施2～3次。增施二氧化碳气肥，最大限度提高光合作用。