1、生长点停止生长。在苗期和成株期均可发病。苗期发病，二个子叶或几片真叶后没有生长点，群众俗称“没头苗”。成株期发病．第一或第二穗花后，生长点停止生长，有点类似”自封顶”，但花穗之间间隔三片、二片叶，而不是自封顶类型的间隔一至二片叶。发生的原因主要是苗期低温、高温(低于5℃，高于35℃)导致生理缺硼。苗期长势较弱的品种．发生的机率略高。
　　2、花数少、弱花、小花或一整穗花没有出现，不易座果。番茄花芽分化受环境条件影响较大，在花芽分化期，严重的低温寡照或35～40℃高温，植株的营养状差时，花芽分化会受到很大影响。影响最为严重时，花芽分化会停止。若第一穗化分化停止，就会出现主茎第十节出现第一穗花的现象；若只是第二穗花分化终止，就会出现第一穗花与第二穗花间隔五叶以上的特殊现象。影响严重时，就会分化出生活力很弱的花朵来，具体表现为花弱、花小，不座果，用激素处理也座不住，个别座住的果也不发育，形成豆果或僵果。影响较为严重时，分化的花数少，花略显小，座果没有正常花容易，这种情况在2005年由于6—7月苗期高温，全国大部分地区普遍发生。当然，苗期环境及营养条件非常优越时，也会出现花芽提前分化的情况，在主茎第五叶出现了第一花穗。
　　3、畸形果、扁形果、幼果开裂漏籽。二至六叶花芽分化期夜温长期低12℃，特别是长期处在5～8℃的状况下，极易出现畸形果。番茄由于在遗传上果实属于高圆形，纵向生长的力量与低温情况下形成扁形果横向生氏的力量矛盾较大，所以易出现幼果发育初期顶部开裂的现象，也就是群众称的“裂果、漏籽”。在苗期氮肥过多、缺钙、缺硼、徒长、点花过重的情况下发生机率偏重。在华北、中原一带，8月、9月播种的金棚番茄，翌年春季出现的第一、二、三穗果果形好。容易点花．而第四、五穗，畸形果、裂果、漏籽果较多的原因，就是第一、二、三穗花分化期(二至七叶)处在温度条件好的十月份，而笫四、五穗花分化发育期处在十分严寒的十二月份和元月份。以后的花，会随着花芽分化期温度、光照条件的改善．而逐渐会好起米的。缺钙、缺硼也是形成幼果开裂的一个重要原因，从苗期开始直到果实采摘每10—15天喷施或浇灌300倍牛奶、豆浆，对于降低幼果顶裂有重要作用。
　　4、果实偏小、僵果、豆果。出现果实偏小有以下原因：(1)定植缓苗后，第一水、肥浇得过早，营养生长过旺形成的。或第一次水、肥浇的过晚，营养生长过弱，第二、三穗果实的发育由于植株营养不足形成了小果或豆、僵果。(2)密度过大，肥力不足。越冬栽培每亩超过3000—3500株，由于冬季光照弱，光合积累少容易形成小果。越冬栽培原则上每亩不超过2500株。(3)没有实行换头整枝，笫四、五穗果实偏小的，大多是由于第1-3层果实发育集中，导致4-5层果实发育营养不足形成的。(4)畸形花点花时，为防止幼果顶裂，点花浓度降得过低，或点花过晚，致使激素不足，容易形成偶果或小果。(5)有些年份或季节，果实发育期光照过弱，温度较低，容易形成僵果或小果。
　　5、空洞果。形成空洞果有以下原因(I]促进座果的激素使用的过早，浓度过重。(2)笫三、四层果实空洞的原因，大多是由于一、二层果实发育较快，光合作用制造的养分不能满足三、四层果实发育而形成的。建议换头整枝，加强肥水管理。(3)上部果实出现空洞果实大多是营养不足所致，应改善光照，加强水、肥、温度管理。(4)使用了果实膨大剂，但光照弱，温度低．植株的营养状况不能满足果实膨大的需要。(5)夜温过高，植株徒长，光合产物不能顺利地运输到果实中去，可引起果实空洞。
　　6、显网果(网纹果、网筋果)。绿果时，果肉网纹明显，成熟时果肉较软，果皮较薄，有时从外面可以以看到种子。原因是苗瘦弱老化，苗龄长，秧子弱，果实膨大期严重缺水。长势弱的品种，出现显网果的机率高。一旦出现显网果，较难恢复。
　　7、叶片发黄。叶肉发黄，叶脉仍然是绿色的，系生理缺镁造成。每年10月至3月份低温阶段，由于地温低，根系的吸收功能受到影响，不能吸收镁而导致的。在植株座果较多．根系衰老的情况下也容易出现生理缺镁。解决办法：叶面喷硫酸镁；座果前增大叶面积，以增加根系生长量；提高土壤温度，促进根系吸收。一般来说，生理缺镁引起的叶片黄化，对果实发育影响不很大。
　　8、叶片扭曲，蕨叶状。一般发生于二个时期，一个时期在定植后第一穗花开花以前，植株叶片扭曲，原因是金棚番茄从营养生长向生植生长过渡时促进座果的内源激素水平比较高造成的。另一个时期多半发生在第三穗果实以上花穗点花后，上部叶片呈蕨叶状。其原因是下部果实发育需要较多的营养，而迫使上部叶片正常生长需要的营养倒流向下部果实，使叶片自身发育受到了影响，发育成扭曲状，也与点花激素浓度大有关，以上两种现象，切莫误认为是病毒病。解决办法：加强植株营养，增加光照，喷施叶面肥，冲施钾肥，降低点花激素浓度。
　　9、果面部分变黄。夏季或冬季番茄果实，向阳光面或外面果面发黄，而背阴部或内面果面仍然是粉红的，这是由于温度过高、过低抑制番茄红素形成而造成的。番茄果实着色过程是叶绿素分解和番茄红素、类胡萝卜素形成的过程。20-30℃可形成番茄红素，高于30℃，在30-35℃；低于20℃，特别是气温降低到13-14℃，番茄红素合成已经停止，而类胡萝卜素合成还可进行。类棚萝卜的色泽是黄的．所以果面就会发黄。