由于日光温室的特殊环境，为蔬菜病虫害的发生和蔓延提供了有利条件。蔬菜病虫害的防治，必须坚持预防为主，综合防治的植保方针。本着安全、有效、经济、简便的原则，有机地协调使用农业、生物、化学和物理的配套措施，严格控制病虫害的发生，将危害降到最低，达到高产、优质、低成本和无农药污染的目的。
一、番茄叶霉病和灰霉病
1、生态防治：上午保持较高温度；下午适当延长放风时间和放风量，减少或避免叶面结露。
2、药剂防治：用6.5%万霉灵粉尘，每亩每次用1kg，7天喷一次，连喷3－4次。用47%加瑞农可湿性粉剂800倍液或50%扑海因可湿性粉剂1500倍液或65%甲霉灵可湿性粉剂800―1500倍液，或50%农利灵可湿性粉剂1000倍液，或2%武夷菌素水剂100倍液，视病情连续防2－3次喷洒。
二、早疫病
1、用5%百菌清粉尘1kg/666.7m2喷粉，7天喷一次。
2、用45%百菌清烟雾剂，每亩250--300g，分放5－6处，傍晚点燃闭棚过夜，7天熏一次，连熏3－4次。
3、用72%克露可湿性粉剂600--800倍液，或72.2%普力克水剂800倍液喷雾或52.5%抑快净水分散粒剂或70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液喷施，连续喷施3天。