大棚西葫芦病害的防治除严格控制温、湿度合理浇水追肥，提高植株抗病能力外，还要掌握各种病害的症状，及时采用药剂防治。
病毒病：西葫芦病毒病又称花叶病，在西葫芦生长各个时期都有发病。苗期受害，子叶变黄枯萎，真叶出现浓淡绿色相间的花叶。全株发病时，新叶出现黄绿相嵌状花叶，叶片小而卷，叶面不平，并变脆发硬。果实受害，出现畸形果，表面凹凸不平。该病的主要传播媒介是蚜虫，因此防治此病首先要防好蚜虫。
防治方法：定植后喷施吡虫啉等杀虫剂防治蚜虫，尤其是要注意消灭越冬菠菜、芹菜上的蚜虫，以减少病毒浸染来源。
霜霉病：霜霉病是瓜类作物普遍发生而危害严重的病害，常在叶片上发病。病菌通过气流、雨水、昆虫传播，由气孔或直接穿透表皮侵入叶片。在日均温20℃―25℃时，叶面有水滴6―12小时即可萌发侵入，3天即可发病。
防治方法：选用抗病品种，并通过栽培措施提高温度，降低湿度，控制发病。保护地栽培，初期可用百菌清烟雾剂熏治，每亩用45%百菌清烟雾剂200―250克。药剂防治可用乙磷铝、25%瑞毒霉（甲霜灵）等喷施，7―10天喷一次。
灰霉病：灰霉病菌多从开败的花中侵入，使花、果脐腐烂，病部表面密生白霜。大瓜受害，组织变黄并生白霜后变淡灰色，重者腐烂脱落。此菌发育适宜温度为23℃，最低2℃，最高31℃。春季雨天；气温低而湿度大时发病较重。
防治方法：要加强管理，室内经常通风降湿，及时摘除发病的花叶果，并可用代森锌、多菌灵等喷施。7―10天1次，连续进行3―4次。
白粉病：这种病主要使叶片受害，发病初期，叶片正面和背面出现白色小霉点，以叶的正面为多，然后逐渐扩大为不规则的霉斑。后期的白粉逐渐变为灰白色，叶片变黄，干枯。病菌主要靠气流传播，气温在16℃―24℃时易于发病。
防治方法：在发病初期及时喷施600―800倍甲托或1500倍粉锈宁、600―800倍退菌特等药剂，5―7天喷1次，交替使用。
