茭白因有黑粉菌共生而表现种性很不稳定。这与其他无性繁殖作物有很大区别，必须每年选种及去杂去劣，才能保持其优良种性。具体做法是：
1、孕茭初期，巡视全田，发现生长特别高大，但无孕茭迹象的茭墩，要插一树枝或芦秆，做好标记，在采收结束后及时连根及地下匍匐茎挖除。因为这些株丛已产生变异，或为“雄茭”，或为迟熟。在采收过程中发现肉质茎明显变短小，剥开拗断肉质茎发现是“灰茭”，也要随时做好标记，在采收结束后一并彻底挖除。
2、在去杂去劣的基础上，采收过程中如发现整个株丛多数分蘖生长整齐，孕茭期集中，茭肉肥大白嫩，符合品种特征，无雄茭和灰茭，薹管较低，产量较高，则将其作为入选种株，做一明显记号。于采收结束后，或原田越冬，或挖出另田假植寄秧，第二年萌芽后分墩作种。
