茭白的主要病害有锈病、胡麻斑病和纹枯病。防治茭白病害必须以农业防治为基础，实行综合治理。选留抗病品种，做好冬季清园，合理密植，加强肥水管理，人工剥除黄叶、病叶，同时合理进药剂防治，在发病初期喷药保护。
防治锈病的药可选用20%三唑酮（2500倍）、25%敌力脱（3000倍）、40%福星（8000倍）、40%多?硫（400倍）等；防治胡麻病斑可选用25%使百克（2000～3000倍）、70%安泰生（800倍）、50%扑海因（1000倍）、10%世高（2000倍）等。防治纹枯病选用5%井岗霉素（1000倍）。
茭白茎内寄生着一种黑粉病， 在茭白拔节时繁殖，产生一种生长素类的分泌物，刺激薄壁组织的生长，使茎部膨大成茭白。因此，在孕茭期，要慎用杀菌剂，尤其是三唑类杀菌剂要禁用。
