病害造成的腐烂洋葱经常发生的病害是软腐病(细菌性病害)和茎腐病(真菌性病害)。防治方法：(一)注意轮作，忌与葱蒜类作物重茬。栽培地尽量深耕30厘米，以利于根系生长发育，提高植株抗病力。(二)施用充分腐熟的肥料，防止肥料带菌。(三)尽量垄作。(四)生长期控制氮肥施用量，氮、磷、钾肥要配合施用。(五)鳞茎形成期注意及时排水，避免长期积水。(六)及时防治虫害，避免造成伤口。(七)发病前用72%的农用链霉素4000倍液、50%的琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液与72%的克露可湿性粉剂600倍液、405福星乳油8000倍液交替喷施。
虫害造成的腐烂地老虎、金针虫、地蛆等地下害虫危害洋葱后造成的伤口，很易使霉菌浸入发生霉烂，同时造成浸染性病害的发生。除了灌药防治外，4月下旬至5月上旬应喷施万灵、安打等药剂防治虫害。
缺素造成的腐烂由于早春地温低，土壤中铵态氮积累过多，影响钙、钾、镁等元素的吸收，造成因缺少上述元素的生理性病害发生。生长期施用氮肥过多，也会造成上述元素的缺乏。由于上述元素的缺乏，会造成叶缘失绿、叶尖干枯，同时鳞茎的外部及内部的鳞片也会发生干枯、腐烂。为此，栽培中应注意氮、磷、钾肥的配合施用。生长期可根外追施高能红钾及0.2%的硝酸钙液，以补充钾、钙元素。
雨水、积水造成的腐烂洋葱生长后期叶鞘松动，空隙较大，田间的积水过多会浸入倒伏植株的叶鞘内，雨水会侵入未倒伏植株的叶鞘中。上述因素均会造成鳞茎腐烂。为此，应注意排水，并及早收获。
