种藕一般于临栽前挖起，选择具有典型品种特性，后把节（即藕尾）较粗的整藕或较大的了藕。整藕上的子藕须向同一方向生长，使抽生的莲鞭有规则地伸长。如用子藕作种，则子藕必须粗垃，至少有两节以上充分成熟的藕身，顶芽完整，在第二节节把后1.5cm处切断，切忌用手掰，以防泥水灌水入藕孔而引起腐烂。种藕要随挖、随选、随选、随栽，如当天栽不完，应洒水覆盖保湿。防止叶芽干萎。莲藕早熟栽培时，一般先行催芽，以防止霜植过早，水温过低及晚霜冻害而引起烂种缺株。 催芽方法是：将种藕置于温暖室内，上下垫覆稻草，每天洒水1-2次，以保持20℃-25℃，相对湿度75%左右，经20天左右，芽长10cm左右，即可栽植。
