贮藏的莲藕要严格挑选无病伤，质地坚实藕肉肥厚，含水少的地下茎，采收后不洗涤，表面带泥整支贮藏。可以在室内挖浅坑贮藏，用稻草或泥土覆盖。或在贮藏库内用于沙层积，表面盖沙5～10厘米。覆盖不能太薄，否则面层的鳞茎易脱水失鲜。湿度过高则易生根、霉烂。
据试验，在5～7℃（最后，11℃）的冷藏库内及普通地下室内（冬季9～14℃，夏季23～25℃）用干沙埋藏，两者效果未见明显区别。用塑料袋封闭贮藏的效果不如沙埋的好，易生霉、生根、褐变。
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