引起马蹄莲根系及块茎腐烂的原因很多，主要的有根腐病、细菌性软腐病、腐霉病。
（1）马蹄莲根腐病和细菌性软腐病：马蹄莲根腐病由疫霉菌属的真菌侵染引起。表现为临近开花时，下部外层叶片的边缘黄化，略呈条纹状，而后逐渐整叶枯黄，并向内层发展在花已开放，则花顶端变为褐色，花姿畸形。褐色有时还一直蔓延到花梗。将病株拔起，可以发现吸收根的顶部腐烂，并向块茎发展。病根水渍状软腐，块茎则是海绵状干腐。
马蹄莲细菌性软腐病由欧氏杆菌属的一种细菌引起。患病后先是在近地表的茎基部发生软腐，而后块茎也受侵染，发生粘滑状软腐，根也腐烂。茎基部受害后，病变向上发展，叶片枯黄，植株很快枯死。
马蹄莲根腐病和细菌性软腐病的防治措施：一是均应注意土壤消毒，方法可参考“怎样防治仙客来灰霉病／’问题的解答。二是对已发生腐烂的植株，应将块茎从士中翻出，用利刀将腐烂部分切除，晾干后，在50℃水中浸1小时或在1％的过乙酸溶液中浸15分钟，而后另行栽植。三是根腐病较轻时可浇灌50％多菌灵可湿性粉剂500倍液。四是马蹄莲栽植时，块茎不要埋得太深6厘米即可人同时应注意浇水不能太多太勤。5月份以后马蹄莲休眠时一定要避免雨水淋浇。五是对于受污染的温室，要灭菌后使用，操作方法可参照“如何防治菊花白粉病？”问题的解答。
（2）腐霉病：马蹄莲块茎贮藏期间，如周围环境温度高、湿度大、通风不良，会受到腐霉病的侵染，引起腐烂。
马蹄莲腐霉病的防治措施：一是马蹄莲块茎宜在干燥通风，没有直射光，温度较低的地点存放。二是对于发生腐烂的块茎，应切除后按上述办法浸泡。
