采收牡丹种植3～5年后，可选定采收年份的7～10月采收，7月采收由于水分较多，容易加工，且加工后质韧色白，产量较低，称为“新货”；10月份采收，质地较硬，加工较困难，不易剥皮，但产量较高，而且所含的有效成分较高，质量较优，称为“老货”。采收时宜选择晴天进行，先挖开植株四周的泥土，再将根部全部刨出，抖去泥土，结合分株，把大、中等的粗根系齐根部剪下，作为药用。细小的根条作繁殖材料。牡丹不宜在雨天采收，否则丹皮接触到水会成为红色，影响质量。
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