仲秋以后，牡丹逐渐停止生长处于休眠状态。至深秋叶子已干枯。有不少病菌宿存越冬，为减轻和防止来年发生叶部褐斑病，应于10月下旬将牡丹叶子全部剪下烧掉。
牡丹是丛生状灌木，如枝条过多，势必互相争夺养分，影响通风透光，造成花芽少，花小而瓣单。应在其休眠期剪去地面发出的“土芽”及重叠枝、交叉枝、病虫枝等，使养分集中于花芽，并结合修剪进行整形，使牡丹有5一7个大枝，或成为“独干小冠形”（干高20一30CMm，上为疏层形，有3一5个主枝）。施冬肥对牡丹来年开好花有决定性作用，且不易发生“烧根”现象。一般每株可施半腐熟的饼肥300一500克，或复合肥100―150克，在植株四周开浅沟施入。
牡丹下叶虽可减少病害的发生，但仍有一些病虫潜藏于牡丹枝干皮缝中或表土中。可用波美3度（入冬后可用5度）石硫合剂喷洒枝干，以杀灭病菌和虫’卵；对地下害虫（如蛴螬）可用氧化乐果500－800倍菜液浇灌根部。对蛀干害虫锯花天牛可用磷化铝片剂在牡丹根部打孔投药毒杀。地栽牡丹可在入冬前后浇一、二次“防冻”水，并可用土或半腐熟的马粪围埋牡丹根茎交接处。
北京地区还要用草绳绑裹枝干；东北地区可用土全部封埋牡丹枝干。盆栽牡丹可将花盆埋人地下或锯末中，只露出枝干。严寒地区则要放人不低于一5℃的室内（但亦不可高于10℃）。
