菊花茎菌核性腐烂病在日本称之为菌核病。我国的上海、四川等地有发生。该病危害植株的茎部，发病严重时，导致全株性立枯。
症状：该病主要发生在近土表的茎基部，有时也发生在茎中部。发病初期，病部变色并逐渐扩展成不规则的大病斑，呈水渍状软腐。发病后期，当环境湿度大时，病斑处出现白色菌丝。当病斑围绕茎基一周时，导致叶枯萎、下垂，最后植株呈立枯状。解剖病茎，在茎秆内外均可见到黑色鼠粪样的菌核。病害发生在茎中部时，病斑多出现在分枝处或叶柄基部，病斑暗褐色，其上产生白色菌丝，后期亦产生菌核，病部以上的叶逐渐枯萎，也可向下方扩展，导致全株立枯。
病原：病原为核盘菌属真菌(Sclerotiniasclerotiorum(Lib.)deBary)，隶属子囊菌亚门、盘菌纲、柔膜菌目。
发病规律：病原菌以菌核在病残体和土中越冬，翌年环境条件适合时，产生子囊盘和子囊孢子，子囊孢子借风雨传播，从伤口侵入寄主，进行侵染危害。阴湿多雨季节发病重。连作发病亦重。前期作物为十字花科等蔬菜时，发病重。
防治：①减少侵染来源：彻底清除病残体，集中销毁。②加强栽培管理：选择通风透光良好的地段种植。植株间不宜过密。与禾本科作物轮作。③药剂防治：发病期，喷施70％甲基托布津可湿性粉剂800-1000倍液，或50％苯来特1000倍液，或50％氯硝胺1000倍液。
