西瓜病虫害主要有猝倒病、炭疽病、蔓枯病、枯萎病、病毒病和蝇、叶螨、瓜蚜、美洲斑潜蝇等。
一、农业防治
1.清洁田园。一是对瓜田附近的沟路边杂草清除干净，减少害虫前期可利用的寄主；二是西瓜花叶病毒寄主范围较广，害虫危害杂草后可能带毒进入瓜田，清除瓜田附近的杂草对防病虫有重要作用；三是注意清除西瓜的病株。应将病株拔除集中深埋或烧毁，不要随手丢弃在沟内或路边。
2.叶面追肥。瓜农一般都十分注意基肥的施用，实叶面追肥也是肥料施用的一个组成部分。用0.2%磷酸二氢钾结合喷农药时一起混合施用，强植株的长势，加抗病能力有显著的效果，别是西瓜坐果后，营养物质需要量大，可结合施用农药每次都混合0.3%磷酸二氢钾进行叶面施肥，但增强植物的长势和抗性，且磷钾肥可促进西瓜早熟和增加含糖量，高西瓜的品质，植物长势较弱，可以增加0.2%～0.3%的尿素混合喷施。对发病的西瓜植物进行叶面施肥，到减缓病情的作用。
二、生物措施防治
1.用生物农药2%宁南霉素200～250倍液，病毒病发病前或发病初期喷雾防治。
2.用0.9%虫螨克3000倍液喷雾可防治蚜虫。
三、化学药剂防治
1.西瓜出苗后发生猝倒病，喷洒66.5%普力克水剂1000～1500倍液，64%杀毒矾米8可湿性粉剂400～500倍液，杀毒矾200倍干细土药土撒于苗基部，减轻伸蔓期蔓枯病的发生。
2.防治枯萎病，定植时用50%多菌灵可湿性粉剂2千克，细土100千克，施入定植穴内，也可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或70%甲基托而津1000倍液灌根1次，每穴药液250毫升，也预防炭疽病的发生。枯萎病发病初期，发现枯萎病株后，立即以病株根际为中心,挖深8～10厘米、半径10 厘米的圆形坑，使主根部分裸露，用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或70%甲基托布津1000倍液灌根，每穴药液500毫升，可兼治蔓枯病。
3.蔓枯病发生为主的地块可喷洒70%甲基托布津800倍液，或64%杀毒矾米8可湿性粉剂500倍液。
4.防治病毒病。病毒病主要是蚜虫传播，应治蚜防病，蚜虫发生高峰前，可喷20%吡虫啉1500倍液防治。保护地可用熏蒸法，用1.5%虱蚜克烟剂每 667平方米300克，在棚内多点均匀分布，傍晚时将大棚密闭，依次点燃。闭棚12小时后放风；也可用80%敌敌畏667平方米用150～200克熏蒸，在大棚内均匀布点，每点先堆放小堆锯末，点燃后倒上敌敌畏熏蒸，此法一般在白天中午前后、棚内温度达30℃左右时进行，熏2小时后通风。发现病毒植株，可喷20%病毒A600倍液，每7天喷1次，连续2～3次。
5.炭疽病发病初期，喷洒80%炭疽福美800倍液，或70%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或50%施保功可湿性粉剂400～600倍液。保护地可采用烟雾熏蒸法，用45%百菌清烟剂每667平方米每次200～250克，8～10天熏1次，同时可兼治疫病。
6.潜叶蝇。以幼虫在叶片内潜食叶肉，在叶片中形成许多弯曲的潜道，掌握成虫发生盛期及时防治成虫，或在刚出现潜道时喷雾防治幼虫。可用40%绿菜宝800倍液，或25%爱卡士1000倍液，或40%乐果乳油1000倍液喷雾。
7.杀菌、杀虫剂和化肥混用。杀菌剂、杀虫剂和作叶面施肥的磷酸二氢钾除了不能和杀毒矾混合使用外，其它的杀菌、杀虫剂均可混合施用。一般的农药在晴天能保持7天左右，因此每间隔7天就要喷施一次农药，这样可达到预防病虫害和促进西瓜植株健壮生长的目的。
