采取壮树防病、清除病菌、病斑治疗、药剂防治的综合措施。用石硫合剂等6月下旬和11月上旬两次涂树干，不仅有减少冬春发生新病斑的效果，还能防止病疤复发。另外，抗生素类农药由于具有高渗透性、对人畜无害，对果品无污染，促进果树生长等作用和对苹果树腐烂病疤疗效显著，越来越多的受到了果农的青睐。王金友（1989）室内测定，证明腐必清（松根的干馏产品）对苹果腐烂病菌有很强杀灭作用，渗透性强，对病菌侵染点有很好的铲除作用；抑制病菌扩展持效期长达45 d；抑制病菌的产孢力较强，连续4年田间试验，防治病斑复发效果75%-100%，并有促进病斑愈合的效果。此外，农抗120、腐必清、井冈霉素（松根的干馏产品）等多种抗生素对苹果腐烂病菌均有很好的防治效果[51]。王磊等（2006）证明目前常用的内吸性杀菌剂戊唑醇、苯醚甲环唑对该病害也有很好的控制效果。但这些措施并未保障腐烂病得到有效的控制，其原因还有待于进一步探讨。
多年来，很多人误认为，控制我国苹果树腐烂病的策略是以刮治为主的外科手术治疗方法并辅助用杀菌剂处理伤口，大量的研究工作集中在伤口处理药剂的筛选、挖掘，而取得的效果却很不理想，造成了很大的人力和物力财力的浪费。也有人认为培育和种植抗病品种可以从根本上解决问题，但因为没有统一的鉴定评价方法和病原菌种类，多是田间自然发病的情况下调查而使得结果在年份间、地域间出现相互不一甚至矛盾的情况，从而导致抗病育种工作无法顺利进行。也有人认为农业栽培措施是控制该病害的根本，但近年来腐烂病在各种树龄阶段、各种管理水平、各个地区、不同年份普遍、大量发生，又让人们怀疑栽培管理措施是否有用？另外，基层技术推广人员、果农对腐烂病发生原因、早期诊断技术、针对性的预防措施缺乏了解，只在发病后盲目使用福美胂等化学农药，既费工费时又致使该剧毒农药大量残留，污染环境，进而导致果园有害生物种群结构变化、生物多样性下降等严重问题不断发生。
